Cluster computing mpiexec使用错误数量的CPU

我正在尝试设置MPI群集。但是我有一个问题，添加到mpd.conf文件中的CPU数量没有正确使用。 我有三台Ubuntu服务器。 48芯opteron 8芯的calc1 具有8个核心的calc2

我的mpd.hosts看起来像：

opteron:46

calc1:6

calc2:6

引导（mpdboot-n3-fmpd.hosts）后，系统正在运行。 mpdtrace->列出了这三个选项

但是运行类似“mpiexec-N58 raxmlHPC MPI…”的程序会导致calc1和calc2得到许多作业，而opteron同时得到的作业很少。 我做错了什么

问候

我找到了一个解决办法。 我为mpiexec命令使用了额外的参数“-machinefile/path/to/mpd.hosts”。现在，所有节点都正常运行。 我遇到的一个问题是，我收到了以下错误消息：

。。。MPIU_SHMW_Seg_create_attach_temp（671）：打开失败-没有这样的文件或目录

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为了解决这个问题，我必须设置环境变量

MPICH\u NO\u LOCAL=1

正如您所想的，您必须将machinefile同时传递给

mpdboot

和

mpiexec

，以便使用每主机进程计数。“打开失败”问题是您正在使用的流程管理器MPD中的一个已知错误。请注意，

MPICH\u NO\u LOCAL=1

解决方案将起作用，但可能会对内部节点通信造成很大的性能损失

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很明显，您使用的是MPICH2（或MPICH2的派生版本），但不清楚您使用的是什么版本。如果可以，我强烈建议您升级到MPICH2 1.2.1p1或（更好的）1.3.1。这两个版本都包含一个新的流程管理器，名为，它更快、更健壮。在1.3.1中，hydra是默认的流程管理器。它不需要

mpdboot

阶段，并且它支持

$HYDRA\u HOST\u FILE

环境变量，这样您就不必在每个

mpiexec

上指定机器文件。启动mpiexec后，opteron获得20、calc1 19和calc2 19进程。我告诉mpiexec的数字是58