Cluster computing 具有超线程的MPI主机文件

我在我大学的一个计算机实验室中运行一些跨节点的小型MPI作业。没有安装排队系统，因此每次运行作业时，我必须自己生成MPI主机文件，然后像这样运行它们：

mpirun --hostfile mpi_hostfile -n 32 ./mpi_program

我使用Open MPI，因此现在我的主机文件如下所示：

localhost slots=4
hydra13 slots=4
hydra14 slots=4
hydra2 slots=4
hydra22 slots=4
hydra24 slots=4
hydra26 slots=4
hydra1 slots=4

我的问题是：每个节点都有一个Intel®内核™ i7-3770处理器，它是四核的，但也是超线程的。在涉及超线程的情况下，开放MPI主机文件的最佳实践是什么？我应该为每个节点列出四个或八个插槽吗

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谢谢。

这取决于您的使用情况。您可能想对许多配置进行一些实验，但通常情况下，如果使用MPI+OpenMP（我假设您指的是OpenMP线程库。不是Open MPI，MPI库，即使您的问题标记为OpenMPI），人们会做的是每个节点有一个MPI进程，每个核心有一个OpenMP线程。我不确定超热疗在这里有多重要，但这是通常的做法

如果你说的OpenMPI是指OpenMP，那就不一样了。如果您只使用MPI进程，那么通常每个核心使用一个MPI进程

最后，您需要通过一系列设置测试您的应用程序，看看哪一个最适合您的机器和应用程序。没有银弹。

您可以为

mpirun

运行

-use-hwthread-cpu

命令行参数

在这种情况下，开放MPI会认为处理器是由超线程提供的线程。否则，它将处理器视为CPU核心，这是默认行为

例如，在Xeon Phi（骑士登陆微体系结构）中，每个核心有四个超线程，而不是两个。因此，如果您在Xeon Phi上使用

--使用hwthread CPU

运行OpenMPI，它将为每个核心分配四个OpenMPI处理器

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使用此选项时，Open MPI将超线程提供的线程称为“硬件线程”。使用此技术，您将不会过度订阅，如果某些开放MPI处理器将在虚拟机上运行，它将使用分配给该虚拟机的正确线程数。

我相信OP在用

openmpi

标记问题时是指开放MPI。