C++ 尝试将gdb与MPI一起使用时自动加载被拒绝？

我有一个串行工作的程序，但是当我尝试使用openMPI时，我得到了消息

 mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process that caused that situation.

对于串行程序，我通过键入

valgrind --leak-check=yes --tool=memcheck /workspace/MK/cmake/Project/buildagain/bin/Project -PR INPUT/chain.inp`

因为我通过键入，

/runProj.sh type.txt

并按照链接顺序运行程序 要使用valgrind运行MPI，我键入

mpirun -np 4 valgrind  /workspace/MK/cmake/Project/buildagain/bin/Project -PR INPUT/chain.inp

但是，输出非常短，因此我看不到问题发生在哪里

所以我尝试将gdb与MPI结合使用。我打字

 mpirun -np 2 xterm -e gdb ../cmake/Project/buildagain/bin/Project

我得到了以下输出

 [Thread debugging using libthread_db enabled]
  warning: File "opt/apps/ossw/applications/gcc/gcc-4.7/sl6/lib63/libstdc++.so.6.0.17-gdb.py" auto-loading has been declined by your 'auto-load safe-path' set to ...
To enable execution of this file add ...
line to your configuration file "h1/MK/.gdbinit"
 ....

当我键入“显示自动加载安全路径”时，输出为

 List of directories from which it is safe to auto-load files is usr/share/gdb/auto-load:/usr/lib/debug:/usr/bin/mono-gdb.py

当我键入以下内容时，得到的输出与以前相同：

 run -PR INP/Chain.inp -iex "set auto-load safe-path /usr/share/gdb/auto-load"

或

---

有人能帮上忙吗？

我认为问题在于您试图从xterm中从mpirun中启动gdb，我认为您不能这样做。但是我从来没有在mpi中使用过X。也不是gdb

您可以使用

gdb

将

附加到正在运行的进程。因此，使用mpirun正常启动程序，找到进程id并使用
gdb
附加到它。如果你这样做了，仍然得到加载错误，编辑问题，我会删除这个答案，也许其他人会帮助你

如果它可以工作，或者由于程序在您可以附加到它之前终止而失败，那么您需要在开始时放置一个暂停循环。通常情况下，处理这种情况的方法是在程序开始时使用一段代码暂停程序，直到您使用调试器并更改了标志。调用
pause
并按以下方式定义该函数：

pause() { 
 int pause;
 struct timeval tv = {1,500000}; /* 1.5 seconds */
 while (pause==1) { select(0,NULL,NULL,NULL,&tv); }` 
}

您也可以执行MPI-BARRIER，但问题可能是MPI_INIT失败或做了一些不正常的事情。如果可以的话，你可以像睡眠功能一样使用屏障。您还可以使用节点id仅在要调试的节点上暂停。
我认为问题在于您试图从xterm内从mpirun内启动gdb，我认为您不能这样做。但是我从来没有在mpi中使用过X。也不是gdb

您可以使用
gdb
将
附加到正在运行的进程。因此，使用mpirun正常启动程序，找到进程id并使用
gdb
附加到它。如果你这样做了，仍然得到加载错误，编辑问题，我会删除这个答案，也许其他人会帮助你

如果它可以工作，或者由于程序在您可以附加到它之前终止而失败，那么您需要在开始时放置一个暂停循环。通常情况下，处理这种情况的方法是在程序开始时使用一段代码暂停程序，直到您使用调试器并更改了标志。调用
pause
并按以下方式定义该函数：

pause() { 
 int pause;
 struct timeval tv = {1,500000}; /* 1.5 seconds */
 while (pause==1) { select(0,NULL,NULL,NULL,&tv); }` 
}

您也可以执行MPI-BARRIER，但问题可能是MPI_INIT失败或做了一些不正常的事情。如果可以的话，你可以像睡眠功能一样使用屏障。您还可以使用节点id仅在要调试的节点上暂停。
我认为问题在于您试图从xterm内从mpirun内启动gdb，我认为您不能这样做。但是我从来没有在mpi中使用过X。也不是gdb

您可以使用
gdb
将
附加到正在运行的进程。因此，使用mpirun正常启动程序，找到进程id并使用
gdb
附加到它。如果你这样做了，仍然得到加载错误，编辑问题，我会删除这个答案，也许其他人会帮助你

如果它可以工作，或者由于程序在您可以附加到它之前终止而失败，那么您需要在开始时放置一个暂停循环。通常情况下，处理这种情况的方法是在程序开始时使用一段代码暂停程序，直到您使用调试器并更改了标志。调用
pause
并按以下方式定义该函数：

pause() { 
 int pause;
 struct timeval tv = {1,500000}; /* 1.5 seconds */
 while (pause==1) { select(0,NULL,NULL,NULL,&tv); }` 
}

您也可以执行MPI-BARRIER，但问题可能是MPI_INIT失败或做了一些不正常的事情。如果可以的话，你可以像睡眠功能一样使用屏障。您还可以使用节点id仅在要调试的节点上暂停。
我认为问题在于您试图从xterm内从mpirun内启动gdb，我认为您不能这样做。但是我从来没有在mpi中使用过X。也不是gdb

您可以使用
gdb
将
附加到正在运行的进程。因此，使用mpirun正常启动程序，找到进程id并使用
gdb
附加到它。如果你这样做了，仍然得到加载错误，编辑问题，我会删除这个答案，也许其他人会帮助你

如果它可以工作，或者由于程序在您可以附加到它之前终止而失败，那么您需要在开始时放置一个暂停循环。通常情况下，处理这种情况的方法是在程序开始时使用一段代码暂停程序，直到您使用调试器并更改了标志。调用
pause
并按以下方式定义该函数：

pause() { 
 int pause;
 struct timeval tv = {1,500000}; /* 1.5 seconds */
 while (pause==1) { select(0,NULL,NULL,NULL,&tv); }` 
}

您也可以执行MPI-BARRIER，但问题可能是MPI_INIT失败或做了一些不正常的事情。如果可以的话，你可以像睡眠功能一样使用屏障。您还可以使用节点id仅在要调试的节点上暂停。
从Xterm from mpirun执行GDB是可能的，但您的mpi实现可能会使这一点难以实现

假设您有一个要调试的hello mpi：

$ mpiexec -np 4 xterm -e 'gdb hello-mpi'

有了mpich，我就有了四个运行gdb的XTerm（正如您所想象的，这对于几个进程来说并不太实际）

我刚刚用一个最新的ish OpenMPI尝试了一下，得到了同样的结果

但这不是您的问题，因为您已经尝试过了。您的问题是您的库位于GDB不希望看到的位置。以下是我如何更新自动加载安全路径：

在~/.gdbinit的顶部，我有几行：

add-auto-load-safe-path /home/robl/work/mpich/code_toybox
add-auto-load-safe-path /home/robl/work/build/mpich/src/mpi/romio/test
...

这将创建一个白名单，列出GDB希望在其中找到.gdbinit文件的位置

（顺便说一句，您可能希望在