Eclipse ImageJ:使用bioformats进行调试

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我已经下载了imageJ源代码并导入Eclipse。目前,我正在为imageJ开发一个插件,我可以使用eclipse中的插件运行imageJ,并在需要时进行调试。我的问题是,我希望从eclipse初始化imageJ,但要加载,以便打开.lif文件。如何将此插件引入imageJ源代码?我曾尝试在我的项目中将依赖项添加到bioformats的.jar文件中,但它不起作用。

仅适用于遇到相同问题的人:

  • 下载所有源代码:
  • 将文件夹:bioformats develope\components\bio formats plugins\src复制到项目中
  • 将locis.plugins.LociImporter.java复制到ij.plugin
  • 删除locis.plugins.LociImporter.java
  • 修改ij.plugin.LociImporter.java并添加arg行:

     public void run(String arg) {
         DebugTools.enableLogging("INFO");
         arg = "location=[Local machine] windowless=false "; //<-This one
         [...]
     }
    
  • 修改ij.Menus.java:

    [...]
    Menu importMenu = getMenu("File>Import", true); 
    addPlugInItem(importMenu, "Bio-Formats", "ij.plugin.LociImporter",0,false);  //<-Add this line
    [...]
    
    […]
    菜单导入菜单=获取菜单(“文件>导入”,true);
    
    addPlugInItem(导入菜单,“生物格式”,“ij.plugin.LociImporter”,0,false)//导入->生物格式。通过这个修改,你将无法进行拖放操作,但你可以使用这个插件,只需使用这个菜单打开文件。由于这仅使用“导入”,因此仅对打开有用。如果您想了解一些关于保存的信息,您应该调用locis.plugins.LociExporter(“”),方法与导入相同。(实际上,经过我的修改,我们称之为ij.plugin.LociImporter(“location=[Local machine]windowless=false”)

    不要复制源文件或JAR文件。您应该管理您的项目依赖项或类似的21世纪构建工具(Gradle也很有效)。根据需要,添加对和(可能还有)其他生物格式工件的依赖项

    另见:

    • ImageJ wiki的最新版本
    [...]
    Menu importMenu = getMenu("File>Import", true); 
    addPlugInItem(importMenu, "Bio-Formats", "ij.plugin.LociImporter",0,false);  //<-Add this line
    [...]