File 替换字符串之间的空白

我有一个像这样的文件

>TCONS_00000066 +1
PPAAARTDLSPPQHVLHVYKRYGPPRQRRRPCPQTWWWQLPHRAAATHPRGEGPRASNPTRQQHFILVYNFSSFLSSWLSLSLLSSPFCYLYICDCHGNTEDEGPLMY*LVSSSLGAFVCKDFHLIDLLDLLFWIEAGYLHAVLHTILQSGRSDR*SRPKYRLTELSVCISVRTSSVINSKC*HN
>TCONS_00000066 +2
RRLLRAPTCHHPSTSSTYTSATVHRGSVDVLVRKHGGGSFLIEQQQLILEGKGPELLILHGNNTLYLCIISLRF*VHGYLCLSYLLPFAISIFVIAMEIQKTRGR*CIDL*VLVWGLSFARIFI*LIFLICYFGSKLATFMPCCIPYFSLVGQTDDRDRSID*PNFRFVYL*GQVLSSIQNVNII
>TCONS_00000066 +3
AGCCAHRLVTTPARPPRIQALRSTAAASTSLSANMVVAASSSSSSNSSSRGRAQSF*SYTATTLYTCV*FLFVSEFMAIFVSLIFSLLLSLYL*LPWKYRRRGAADVLTCEF*FGGFRLQGFSFD*SS*FVILDRSWLPSCRVAYHTSVWSVRPMIETEVSINRTFGLYICEDKFCHQFKMLT*
>TCONS_00000066 -1
YYVNILN**QNLSSQIYKPKVRLIDTSVSIIGLTDQTEVWYATRHEGSQLRSKITNQEDQSNENPCKRKPPN*NSQVNTSAAPRLLYFHGNHKYRDSKREKIRETKIAMNSETKRNYTQV*SVVAV*D*KLWALPLEDELLLLDEEAATTMFADKDVDAAAVDRSACIRGGRAGVVTSRCAQQPA
>TCONS_00000066 -2
IMLTF*IDDRTCPHRYTNRKFG*SILRSRSSV*PTRLKYGMQHGMKVASFDPK*QIKKINQMKILANESPQTRTHKSIHQRPLVFCISMAITNIEIAKGRR*ERQR*P*TQKRREIIHKYKVLLPCRIRSSGPFPSRMSCCCSMRKLPPPCLRTRTSTLPRWTVALVYVEDVLGW*QVGARSSRR
>TCONS_00000066 -3
LC*HFELMTELVLTDIQTESSVNRYFGLDHRSDRPD*SMVCNTA*R*PASIQNNKSRRSIK*KSLQTKAPKLELTSQYISGPSSSVFPWQSQI*R*QKGEDKRDKDSHELRNEEKLYTSIKCCCRVGLEALGPSPRG*VAAAR*GSCHHHVCGQGRRRCRGGP*RLYTWRTCWGGDKSVRAAAG
>TCONS_00000130 +1
LPARPRLQGALQRHRGGKPINQSINQWW*LGQLKTKKERSN*SSC*IVKWYAGEGGDSGSGGGGRGDGGGDGEPARRHHARRRPPRQELPLQVDEPVRANEEGWVQGSWHQAARHGTGRFLQRRAHPNRDHQFARTTA*NPLPNVHPSAGRAMEKKIKGKEEKMKSPCITN*FVMMQAAVRVRSSLIGSIR*ICFTKGATDRLSWLAVWVHIHTTQTQILTI*PFAKNIFTNEQLPKLISNLTLLLNAKSCGAEFRHLSAK*YGAECTLAR*LSLPSAVARHSAPADVALRCLSSAPHDLALSKKVRFEISFGSGSFVKLVFTKG*IVKICATQTHSQEDMNIK*SREGHGFSPGFVPFGCTCTEMIYVVGLTDTKEHM***MIFVLLCQSFTLVFLTCFLSSTVVLRIQ*PQLMRLKWILAN*AYSLIFWLMVIL
>TCONS_00000130 +2
FQLALAFRELCNGIAEVNQSTNQSINGGSWVNSKQRKKEAINHLVEL*NGMQAKVEIVVREGEVGETVVATVNQLAATTLVVGLHDKSFLYRSTNPYERMRRVGCRVLGIRQHATARDGSFNAELTQIETINLHVPPPKIPFPMFTLPLGVLWRKRSKAKKRK*SHHASQINL**CRLQCELGAH*LDQSDEFVLPKEQLTD*AG*LSGYIYTRHKHKF*QFNPLQKIFLQMNSYQNLFQI*PFCLTPNRVALNLDTSAPNSMALNVRWHADLVSHPPWHGIQRQLTWR*GV*VPRHMI*R*AKRSDLK*VLAAVHL*N*FLQRVKLSKFVRHKHTHKKT*TSSEAGRGTVSHLDLCHLVVLVQR*SMLLD*QTPRNTCSSK*FLFYFVKVLHLYS*PVSCLAQ*C*EFSNLS**D*NGYWPIKLIASSFGLWLYL
>TCONS_00000130 +3
SSSPSPSGSSATASRR*TNQPINQSMVVVGSTQNKERKKQLIILLNCEMVCRRRWR*WFGRGRSGRRWWRR*TSSPPPRSSSASTTRASSTGRRTRTSE*GGLGAGFLASGSTPRHGTVPSTPSSPKSRPSICTYHRLKSPSQCSPFRWACYGEKDQRQRRENEVTMHHKLICDDAGCSAS*ELTDWINPMNLFYQRSN*QIELASCLGTYTHDTNTNFDNLTLCKKYFYK*TATKTYFKSDPFA*RQIVWR*I*TPQRQIVWR*MYVGTLT*SPIRRGTAFSAS*RGAEVSKFRAT*FSVEQKGQI*NKFWQRFICKISFYKGLNCQNLCDTNTLTRRHEHQVKQGGARFLTWICAIWLYLYRDDLCCWIDRHQGTHVVVNDFCFTLSKFYTCIPDLFLV*HSSVKNSVTSVDEIKMDIGQLSL*PHLLAYGYTY
>TCONS_00000130 -1
ISITISQKMRL*A*LANIHFNLIN*GY*ILNTTVLDKKQVRNTSVKL*QSKTKIIYYYMCSLVSVNPTT*IISVQVQPNGTNPGEKPCPSLLHLMFMSSCECVCVAQILTI*PFVKTNFTNEPLPKLISNLTFLLNAKSCGAELRHLSATSAGAECRATADGRLSQRANVHSAPYYLALRCLNSAPHDLALSKRVRFEISFGSCSFVKIFFAKG*IVKICVCVVCICTQTASQLNLSVAPLVKQIHRIDPISELLTRTAACIITN*FVMHGDFIFSSLPLIFFSIARPAEG*TLGRGF*AVVRAN*WSRFG*ARR*RNRPVPWRAA*CQEPCTQPSSFARTGSSTCRGSSCRGGRRRAWWRRAGSPSPPPSPRPPPPEPLSPPSPAYHFTIQQDD*LLLSFFVLS*PNYHH*LIDWLIGLPPRCRCRAP*RRGRAG
>TCONS_00000130 -2

我想删除id行中字符串之间的空格

新文件应该是

>TCONS_00000066_+1
PPAAARTDLSPPQHVLHVYKRYGPPRQRRRPCPQTWWWQLPHRAAATHPRGEGPRASNPTRQQHFILVYNFSSFLSSWLSLSLLSSPFCYLYICDCHGNTEDEGPLMY*LVSSSLGAFVCKDFHLIDLLDLLFWIEAGYLHAVLHTILQSGRSDR*SRPKYRLTELSVCISVRTSSVINSKC*HN
>TCONS_00000066_+2
RRLLRAPTCHHPSTSSTYTSATVHRGSVDVLVRKHGGGSFLIEQQQLILEGKGPELLILHGNNTLYLCIISLRF*VHGYLCLSYLLPFAISIFVIAMEIQKTRGR*CIDL*VLVWGLSFARIFI*LIFLICYFGSKLATFMPCCIPYFSLVGQTDDRDRSID*PNFRFVYL*GQVLSSIQNVNII
>TCONS_00000066_+3
AGCCAHRLVTTPARPPRIQALRSTAAASTSLSANMVVAASSSSSSNSSSRGRAQSF*SYTATTLYTCV*FLFVSEFMAIFVSLIFSLLLSLYL*LPWKYRRRGAADVLTCEF*FGGFRLQGFSFD*SS*FVILDRSWLPSCRVAYHTSVWSVRPMIETEVSINRTFGLYICEDKFCHQFKMLT*
>TCONS_00000066_-1
YYVNILN**QNLSSQIYKPKVRLIDTSVSIIGLTDQTEVWYATRHEGSQLRSKITNQEDQSNENPCKRKPPN*NSQVNTSAAPRLLYFHGNHKYRDSKREKIRETKIAMNSETKRNYTQV*SVVAV*D*KLWALPLEDELLLLDEEAATTMFADKDVDAAAVDRSACIRGGRAGVVTSRCAQQPA
>TCONS_00000066_-2
IMLTF*IDDRTCPHRYTNRKFG*SILRSRSSV*PTRLKYGMQHGMKVASFDPK*QIKKINQMKILANESPQTRTHKSIHQRPLVFCISMAITNIEIAKGRR*ERQR*P*TQKRREIIHKYKVLLPCRIRSSGPFPSRMSCCCSMRKLPPPCLRTRTSTLPRWTVALVYVEDVLGW*QVGARSSRR
>TCONS_00000066_-3
LC*HFELMTELVLTDIQTESSVNRYFGLDHRSDRPD*SMVCNTA*R*PASIQNNKSRRSIK*KSLQTKAPKLELTSQYISGPSSSVFPWQSQI*R*QKGEDKRDKDSHELRNEEKLYTSIKCCCRVGLEALGPSPRG*VAAAR*GSCHHHVCGQGRRRCRGGP*RLYTWRTCWGGDKSVRAAAG
>TCONS_00000130_+1
LPARPRLQGALQRHRGGKPINQSINQWW*LGQLKTKKERSN*SSC*IVKWYAGEGGDSGSGGGGRGDGGGDGEPARRHHARRRPPRQELPLQVDEPVRANEEGWVQGSWHQAARHGTGRFLQRRAHPNRDHQFARTTA*NPLPNVHPSAGRAMEKKIKGKEEKMKSPCITN*FVMMQAAVRVRSSLIGSIR*ICFTKGATDRLSWLAVWVHIHTTQTQILTI*PFAKNIFTNEQLPKLISNLTLLLNAKSCGAEFRHLSAK*YGAECTLAR*LSLPSAVARHSAPADVALRCLSSAPHDLALSKKVRFEISFGSGSFVKLVFTKG*IVKICATQTHSQEDMNIK*SREGHGFSPGFVPFGCTCTEMIYVVGLTDTKEHM***MIFVLLCQSFTLVFLTCFLSSTVVLRIQ*PQLMRLKWILAN*AYSLIFWLMVIL
>TCONS_00000130_+2
FQLALAFRELCNGIAEVNQSTNQSINGGSWVNSKQRKKEAINHLVEL*NGMQAKVEIVVREGEVGETVVATVNQLAATTLVVGLHDKSFLYRSTNPYERMRRVGCRVLGIRQHATARDGSFNAELTQIETINLHVPPPKIPFPMFTLPLGVLWRKRSKAKKRK*SHHASQINL**CRLQCELGAH*LDQSDEFVLPKEQLTD*AG*LSGYIYTRHKHKF*QFNPLQKIFLQMNSYQNLFQI*PFCLTPNRVALNLDTSAPNSMALNVRWHADLVSHPPWHGIQRQLTWR*GV*VPRHMI*R*AKRSDLK*VLAAVHL*N*FLQRVKLSKFVRHKHTHKKT*TSSEAGRGTVSHLDLCHLVVLVQR*SMLLD*QTPRNTCSSK*FLFYFVKVLHLYS*PVSCLAQ*C*EFSNLS**D*NGYWPIKLIASSFGLWLYL
>TCONS_00000130_+3
SSSPSPSGSSATASRR*TNQPINQSMVVVGSTQNKERKKQLIILLNCEMVCRRRWR*WFGRGRSGRRWWRR*TSSPPPRSSSASTTRASSTGRRTRTSE*GGLGAGFLASGSTPRHGTVPSTPSSPKSRPSICTYHRLKSPSQCSPFRWACYGEKDQRQRRENEVTMHHKLICDDAGCSAS*ELTDWINPMNLFYQRSN*QIELASCLGTYTHDTNTNFDNLTLCKKYFYK*TATKTYFKSDPFA*RQIVWR*I*TPQRQIVWR*MYVGTLT*SPIRRGTAFSAS*RGAEVSKFRAT*FSVEQKGQI*NKFWQRFICKISFYKGLNCQNLCDTNTLTRRHEHQVKQGGARFLTWICAIWLYLYRDDLCCWIDRHQGTHVVVNDFCFTLSKFYTCIPDLFLV*HSSVKNSVTSVDEIKMDIGQLSL*PHLLAYGYTY
>TCONS_00000130_-1
ISITISQKMRL*A*LANIHFNLIN*GY*ILNTTVLDKKQVRNTSVKL*QSKTKIIYYYMCSLVSVNPTT*IISVQVQPNGTNPGEKPCPSLLHLMFMSSCECVCVAQILTI*PFVKTNFTNEPLPKLISNLTFLLNAKSCGAELRHLSATSAGAECRATADGRLSQRANVHSAPYYLALRCLNSAPHDLALSKRVRFEISFGSCSFVKIFFAKG*IVKICVCVVCICTQTASQLNLSVAPLVKQIHRIDPISELLTRTAACIITN*FVMHGDFIFSSLPLIFFSIARPAEG*TLGRGF*AVVRAN*WSRFG*ARR*RNRPVPWRAA*CQEPCTQPSSFARTGSSTCRGSSCRGGRRRAWWRRAGSPSPPPSPRPPPPEPLSPPSPAYHFTIQQDD*LLLSFFVLS*PNYHH*LIDWLIGLPPRCRCRAP*RRGRAG
>TCONS_00000130_-2

---

我使用了

sed

和

tr

，但没有得到所需的输出。

似乎您正试图用

\ucode>符号替换空格。如果是，那么你可以考虑这个，

sed 's/[[:blank:]]\+/_/g' file

或

您需要捕获要保留的角色。因此，在这里，您要保留的字符是
t字符
+
8位
。因此，将与此匹配的模式放入捕获组，
\（…\）
。并将以下一个或多个空格与此模式匹配。您必须转义
+
，这样它将重复前面的标记一次或多次，否则它将匹配文本
+
符号，因为基本sed使用
BRE
（Baisc正则表达式）
使用
tr
，它的确切目的是用其他字符替换字符

tr ' ' '_' < file

例如，它具有以下效果：

$ cat a
hello     world           this
is     a      sample       file
$ tr -s ' ' '_' < a
hello_world_this
is_a_sample_file

$cat a
你好，这个世界
这是一个示例文件
$tr-s''.'

当然，如果要保存原始文件中的更改，您必须将其输出到文件中并将其移回原始文件。
我使用了类似sed的/TCONS[0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][[：blank:][0-9][0-9][0-9][0-9]_+/g'ORF6frame\u或fpredictor.fa>new我也使用了这个命令sed s/\/\ug/ORF6frame\u或fpredictor.fa>new您发出的第二个命令运行良好。你能指出我的错误吗。为什么我的命令不起作用？哇，我不知道你可以合并
-s
和
''.
。漂亮，+1！
tr -s ' ' '_' < file

$ cat a
hello     world           this
is     a      sample       file
$ tr -s ' ' '_' < a
hello_world_this
is_a_sample_file