Git添加。在包含.git文件夹的子目录上失败，即使被忽略

我们有一个深层目录结构，在不同的层次上有多个自述文件。例如：

gitignoretest/
|-- 00README
|-- dir1
|   |-- 00README
|   |-- dir1
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |-- dir2
|   |   |-- dir3
|   |   |-- file1
|   |   `-- file2
|   |-- dir2
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |-- dir2
|   |   |-- dir3
|   |   |-- file1
|   |   `-- file2
|   |-- dir3
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |-- dir2
|   |   |-- dir3
|   |   |-- file1
|   |   `-- file2
|   |-- file1
|   `-- file2
|-- dir3
|   |-- 00README
|   |-- dir1
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |   |-- 00README
|   |   |   |-- dir1
|   |   |   |-- dir2
|   |   |   |-- dir3
|   |   |   |-- file1
|   |   |   `-- file2
|   |   |-- dir2
|   |   |   |-- 00README
|   |   |   |-- dir1
|   |   |   |-- dir2
|   |   |   |-- dir3
|   |   |   |-- file1
|   |   |   `-- file2

...
...

我们只想对

00自述文件进行版本设置。我们使用
.gitignore

.gitignore

但是，在实际场景中，其中一个子目录是
conda
安装，它有一些包包含自己的
.git
目录。当我执行git add.

时，它会失败，并显示以下消息：

fatal: Not a git repository: Applications/conda/lib/STAR-Fusion/STAR-Fusion.wiki/../.git/modules/STAR-Fusion.wiki

真正的场景是

。/TopLevel/Applications/…

和

。/TopLevel/.gitignore

。以下是我尝试过的一些事情：

../TopLevel/.gitignore

但是没有击中目标

---

编辑
为了解决@VonC提到的使用

.git

文件夹“取消跟踪”子目录的问题，我提供了一个全新的git存储库创建。注意：作为远程设备添加的存储库是一个新创建的

--bare

存储库

balter@server:/home/.../TopLevel$ rmdir .git
balter@server:/home/.../TopLevel$ git init
Initialized empty Git repository in /home/.../TopLevel/.git/
balter@server:/home/.../TopLevel$ git remote add origin git@server.ohsu.edu:path/repo.git
balter@server:/home/.../TopLevel$ git status
# On branch master
#
# Initial commit
#
# Untracked files:
#   (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
#   .gitignore
#   00README.md
#   Applications/
#   InstallationPackages/
#   USE_APPS
#   gitignoretest/
nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)
balter@server:/home/.../TopLevel$ git add .
fatal: Not a git repository: Applications/conda/lib/STAR-Fusion/STAR-Fusion.wiki/../.git/modules/STAR-Fusion.wiki

balter@server：/home/../TopLevel$rmdir.git
balter@server：/home/../TopLevel$git init
已在/home/../TopLevel/.Git中初始化空Git存储库/
balter@server：/home/../TopLevel$git远程添加原点git@server.ohsu.edu：path/repo.git
balter@server：/home/../TopLevel$git状态
#论分行行长
#
#初始提交
#
#未跟踪的文件：
#（使用“git add…”包含在将提交的内容中）
#
#.gitignore
#00README.md
#应用程序/
#安装包/
#使用应用程序
#gitignoretest/
提交时未添加任何内容，但存在未跟踪的文件（使用“git add”跟踪）
balter@server：/home/../TopLevel$git add。
致命：不是git存储库：Applications/conda/lib/STAR Fusion/STAR Fusion.wiki/./.git/modules/STAR-Fusion.wiki
< /代码> 如果您想将全树结构视为一个存储库，则需要首先删除嵌套的<代码> .git < /c>子文件夹：请参阅“”。
关于忽略规则，如果要忽略除ooremade文件以外的所有内容，则需要首先排除文件夹

*
!**/

然后可以排除文件：

!00README

确保首先未跟踪这些文件（
git status
）

我们的应用程序目录有一个conda安装，它似乎通过克隆git存储库来安装许多软件包。如果我去删除所有的.git目录，那么每当我运行conda update时，它要么会失败，因为它不再具有所需的repo，要么会重新克隆它们

首先，不要忽略
.git
文件夹：它们的父文件夹表示嵌套的git repo。这就是要忽略的文件夹（即
.git
文件夹的父文件夹），这样
git add就不会记录（）

其次，“
不是git存储库：…/../...git/modules/..
”表示conda嵌套的repo具有，谁的：conda安装文件夹需要一个
git子模块更新--init--recursive
，才能初始化正确的嵌套子模块。
您是否尝试了
git add--all
而不是
git add.
？后者只适用于第一次提交，对吗？好吧，那是第一次提交：）但我只是尝试了
git add--all
，但得到了相同的错误：（我明白了……您是否再次尝试删除使用
rm-fr.git
和
git init
配置的所有git，然后
git add.
？是的，但我会重试……否
rmdir.git；git init；git remote add origingit@......git；git add.
并得到相同的错误：（尝试它。几个问题：1）它“有效”在我们的测试目录中，虽然没有文件夹本身就是存储库。2）如果我理解，
！***/
是忽略实际上是文件夹而不是文件的任何内容。对吗？@abalter 2）是：如果忽略文件夹，则任何涉及被忽略子文件夹中元素的规则都不会被使用。1） 问题是什么；）尝试了上面的方法，仍然得到了致命错误：（关于1）问题是，在测试目录中（原始问题中显示的树），我显示的
.gitignore
在忽略目录方面运行良好。那么，为什么在路的某个地方有一个
.git
目录时它会失败呢？也许我需要忽略所有以“.”开头的目录？这是我的第一个链接k details查看我的编辑。这是否完全解决了需要确保文件不被跟踪的问题？
*
!**/

!00README