Indexing 我可以在vcf.gz文件上使用tabix吗？_Indexing_Merge_Gzip_Vcf Vcard

Indexing 我可以在vcf.gz文件上使用tabix吗？

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Indexing 我可以在vcf.gz文件上使用tabix吗？,indexing,merge,gzip,vcf-vcard,Indexing,Merge,Gzip,Vcf Vcard,作为一个初学者，我可能有一个愚蠢的问题，但我有几个压缩的不同个人的VCF文件（.VCF.gz）。我想通过使用VCF merge将这些文件合并到一个包含所有个人的VCF文件中但是，这需要使用bgzip对文件进行实际压缩，并使用tabix编制索引。有人知道我是否可以从一个.vcf.gz文件转换成一个tabix索引和bgzip文件，而不首先解压缩它（它需要大量存储，文件非常大）谢谢如果我理解正确，您有： file.vcf.gz这是一个gzip压缩的vcf文件（不是块gzip压缩的）您希望：

作为一个初学者，我可能有一个愚蠢的问题，但我有几个压缩的不同个人的VCF文件（.VCF.gz）。我想通过使用VCF merge将这些文件合并到一个包含所有个人的VCF文件中

但是，这需要使用bgzip对文件进行实际压缩，并使用tabix编制索引。有人知道我是否可以从一个.vcf.gz文件转换成一个tabix索引和bgzip文件，而不首先解压缩它（它需要大量存储，文件非常大）

谢谢

如果我理解正确，您有：

```
file.vcf.gz
```
这是一个gzip压缩的vcf文件（不是块gzip压缩的）

您希望：

```
file.vcf.bgz
```
，这是一个块gzip压缩的vcf文件，其内容与
```
file.vcf.gz
```
相同，以及
```
file.vcf.bgz.tbi
```
是
```
file.vcf.bgz
```

您希望在不解压缩的情况下进行此转换

不幸的是，我不知道如何避免解压数据以便以阻塞形式重新压缩。通过流式传输数据，您可以保持内存成本不变：

gzip --decompress --to-stdout file.vcf.gz \
  | bgzip --index --index-name file.vcf.bgz.tbi -@4 \
  > file.vcf.bgz

第一行解压

file.vcf.gz

，将解压后的输出写入标准输出流。第二行块gzip压缩标准输入流（将压缩数据写入标准输出流），并生成名为

file.vcf.bgz.tbi

的索引文件。

-@4

告诉

bgzip

使用四个线程。如果您的机器有更多的内核，则可以增加该值。最后一行将块gzip压缩输出定向到名为

file.vcf.bgz

的文件

在我的MacBookPro上，这个过程花了一分钟重新压缩214MB的文件

注意：这不会删除

文件.vcf.gz

，如果您不再需要它，您需要自己删除它。