R错误：java.lang.OutOfMemoryError:java堆空间

我正在尝试将R连接到Teradata，以便将数据直接拉入R进行分析。然而，我得到的错误是

Error in .jcall(rp, "I", "fetch", stride, block) :
  java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

我尝试通过以下操作设置我的R选项以增加JVM的最大堆大小：

options(java.parameters = "-Xmx8g")

我还尝试用rJava函数

.jinit

初始化java参数，作为：

.jinit（parameters=“-Xmx8g”）

。 但还是失败了

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数据的计算大小应大约为3G（实际上小于3G）。

在加载rJava或任何其他软件包之前，您需要确保分配了额外的内存。首先擦除环境（通过

rm（list=ls（））

），如果必须，重新启动R/Rstudio，并修改脚本开头的选项

选项（java.parameters=“-Xmx8000m”）

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例如，我不知何故以一种不可复制的方式遇到了这个问题，用

-Xmx8g

部分解决了它，但随机遇到了问题

我现在通过使用找到了一个具有不同垃圾收集器的选项

options(java.parameters = c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))
library(xlsx)

在脚本开始时和加载任何其他包之前，因为其他包可以自己加载一些java内容，在加载任何java之前必须设置选项

到目前为止，问题没有再次发生

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只有在长时间的会话中，有时它仍然会发生。但在这种情况下，会话重启通常可以解决问题。

我添加了垃圾收集，这为我解决了问题。我正在使用RJDBC连接到Oracle数据库。

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只需添加gc（）

即可在Mac上运行以下两行代码（在加载任何包之前）：

options(java.parameters = c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))
gc()

这基本上结合了之前在这里发布的两个建议：重要的是，仅运行第一行（如drmariod所建议的）并不能解决我的问题。但是，当我在第一行之后执行

gc（）

时（正如用户2961057所建议的），问题就解决了

如果仍然不起作用，请重新启动R会话，然后（在加载任何包之前）改为

options（java.parameters=“-Xmx8g”）

，然后直接执行

gc（）

。或者，尝试将RAM从

“-Xmx8g”

进一步增加到例如

“-Xmx16g”

（前提是您至少有同样多的RAM）

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编辑：进一步的解决方案：虽然我不得不使用rJava进行R中的模型估计（从大量的X中解释y），但即使我放大到

“-Xmx60000m”

（我使用的机器有64 GB RAM），我仍不断收到上述“OutOfMemory”错误。问题是一些型号规格太大（需要更多的RAM）。在这种情况下，一种可能有帮助的解决方案是缩小问题的规模（例如，通过减少模型中的X数量），或者——如果可能的话——将问题分成独立的部分，分别进行评估，然后再将这些部分放在一起。

您是否可以尝试使用更少的内存来验证它是否有效？仅仅因为原始数据只有3GB，并不排除JVM需要更多内存的可能性。在启动java实例之前，必须确保运行

options（java.parameters=“-Xmx8g”）

。因此，在没有加载包的情况下，在新的R会话中启动。运行该命令，然后加载所有包并重试。您应该很好，但JVM可能因为其他原因需要很多。我猜“计算的数据大小”是存储的有意义信息的大小。然而，数据结构在内存消耗方面并不理想-它们有用于内部使用的字段，它们分配额外的内存以防止重复分配数据添加，因此即使没有任何数据的空数据结构也会消耗一些内存。因此，3Gb的数据很容易需要超过8Gb的操作内存。是的。不知何故，这也使我的代码比以前运行得更快。这确实是正确的答案。非常感谢。