Java 继续获取：请求的数组大小超过VM限制错误

我在这里看到了几个与接收java错误相关的线程：java.lang.OutOfMemoryError：请求的数组大小超过VM限制，但我尝试了这些建议，没有一个对我有效。下面是我使用的脚本：

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -N Sample_S06-9841_A4_primary
#$ -S /bin/bash
module load picard/1.130

java -Xmx12g -XX:MaxPermSize=8192m -XX:+UseCompressedOops -Djava.io.tmpdir=/mnt/work1/users/home2/loldfiel/tmp -jar $picard_dir/picard.jar AddOrReplaceReadGroups INPUT=/mnt/work1/users/roehrlgroup/GCT_2/star_aligner/final_alignment/Sample_S06-9841_A4_primary/Aligned.out.sam OUTPUT=./Sample_S06-9841_A4_primary/S06-9841_A4_primary_rg.bam SORT_ORDER=coordinate RGID=S06-9841_A4_primary RGLB=lib RGPL=Illumina RGPU=none RGSM=Sample_S06-9841_A4_primary

我尝试了各种不同的选项，例如将-Xmx参数增加到20g，删除MaxPermSize参数（我还尝试将其降低到256m）。我没有使用UseCompressedOops参数运行它

我以前运行过这个脚本（没有MaxPermSize和UsedCompressedOops参数），并且没有任何问题，所以我不确定为什么在这个示例上它不会运行

有没有人对这个问题还有其他想法？你认为我的bam文件有问题吗

注意：我确实在输出目录中收到一个文件，但它是空的

谢谢,

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java中的Leslie

数组受到以下事实的限制：数组索引的类型为

int

，并且索引必须为正（以及数组大小）

但是VM中可能存在限制，阻止使用大小为Integer.MAX_值（（2^31）-1）的数组；确切的最大值似乎是特定于VM的实现。因此，当请求的数组长度为Integer.MAX_值或非常接近该值时，VM可能会抛出您得到的异常。请注意，无法通过为VM分配更多内存来解决此问题，因为这是VM实现方式造成的限制

更糟糕的是，据我所知，JDK中没有常数/方法可以实际指示VM支持的实际最大数组大小；因此，在这种情况下，硬编码是安全的

有一种方法可以防止程序试图通过更改其参数来分配该大小的数组。您最好直接从与您的软件相关的供应商/帮助论坛寻求帮助。切换到不同的虚拟机（版本或供应商）也可以解决问题；如果另一个VM真的支持最大大小的数组