Java 用于安装R软件包的替代编译器：clang:error:unsupported选项'-fopenmp'；

我正在尝试在R版本为3.4.0的OS X 10.11.6上安装rJava软件包：

install.packages("rJava", type = "source")

我得到以下错误：

clang -o libjri.jnilib Rengine.o jri.o Rcallbacks.o Rinit.o globals.o rjava.o  -dynamiclib -framework JavaVM -fopenmp -L/usr/local/lib -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -lpcre -llzma -lbz2 -lz -licucore -lm -liconv    
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’

据我所知，clang被用作编译器，使用“fopenmp”，而clang似乎不支持它。有没有人能找到一种方法来解决这个问题，可能会强制使用不同的编译器？（注意：我对编译器几乎一无所知）

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提前感谢。

这是因为CRAN使用llvm-4.0.0（支持OpenMP）编译了R3.4.0，但苹果的fork（默认安装在macOS上）不支持OpenMP。有三种解决方案

使用CRAN提供的软件包二进制文件，例如

install.packages（type=“binary”）

安装一个确实支持OpenMP的编译器，例如来自hombrew的gcc或clang，但是您还必须修改个人makevars文件中的变量（

~/.R/makevars

）

在

~/.R/Makevars中取消设置
SHLIB\u OPENMP\u CFLAGS
和
SHLIB\u OPENMP\u cxflags

两个人。您可以使用

brew install llvm

或

brew install gcc安装编译器--而不使用multilib

，然后必须将编译器路径添加到

~/.R/Makevars

文件中

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler)
CXX11=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++

或者对于

gcc

使用（请仔细检查gcc可执行文件是否存在并正确命名）

或者，您可以安装并适当设置

Makevars

文件

三个人。您只需取消设置

SHLIB\u OPENMP\u CFLAGS

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=

有关更多详细信息，请参阅编写R扩展

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请注意，此错误与Java或rJava软件包无关，因此理想情况下，问题可以重命名为

clang:error:unsupported option'-fopenmp'

在终端中运行following也可以修复在RStudio中下载的软件包，并且您可以运行rJava或r-app而不会出现任何问题

    brew cask install r-app 
    brew install homebrew/versions/gcc49 --without-multilib 
    sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
    brew link --overwrite --force gcc49
    brew unlink gcc49 && brew link gcc49
    brew install llvm
    mkdir ~/.R; touch ~/.R/Makevars

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我的个人makevars文件在哪里有线索吗

$cd~/.R/Makevars-bash:cd:/Users/me/.R/Makevars:没有这样的文件或目录

默认情况下没有，您需要创建

~/.R/

目录和

Makevars

文件（如果不存在）。

R--quiet-e'install.packages（“rJava”，type=“binary”，repos=”http://cran.us.r-project.org")“

从命令行为我获得了它。版本2。“叮当”对我不起作用。但是版本3。做

    brew cask install r-app 
    brew install homebrew/versions/gcc49 --without-multilib 
    sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
    brew link --overwrite --force gcc49
    brew unlink gcc49 && brew link gcc49
    brew install llvm
    mkdir ~/.R; touch ~/.R/Makevars