Java Intellij Idea 2016.1.1和Gradle的类路径问题

在Idea最近升级之后，我现在在代码中得到了一个ClassNotFoundException，一天前它还可以正常工作

如果我在命令行中运行gradle，它工作得很好，但是如果我在Idea中运行，它会失败，并出现ClassNotFoundException

我在谷歌上搜索过这个问题，似乎其他人也有类似的问题，但为他们提出的解决方案似乎对我不起作用

我知道这可能是Idea最新版本的类路径和/或gradle问题，但我不知道问题会是什么，因为我最近才从Eclipse和Maven转到Idea和gradle。我的Java总体经验非常好

完整堆栈跟踪如下所示：

Exception in thread "LWJGL Application" com.badlogic.gdx.utils.GdxRuntimeException: java.lang.NoClassDefFoundError: com/badlogic/gdx/physics/box2d/Shape
    at com.badlogic.gdx.backends.lwjgl.LwjglApplication$1.run(LwjglApplication.java:130)
Caused by: java.lang.NoClassDefFoundError: com/badlogic/gdx/physics/box2d/Shape
    at uk.co.redfruit.gdx.skyisfalling.listeners.PlayButtonListener.changed(PlayButtonListener.java:18)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.utils.ChangeListener.handle(ChangeListener.java:28)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.Actor.notify(Actor.java:181)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.Actor.fire(Actor.java:146)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.ui.Button.setChecked(Button.java:123)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.ui.Button$1.clicked(Button.java:91)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.utils.ClickListener.touchUp(ClickListener.java:89)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.InputListener.handle(InputListener.java:58)
    at com.badlogic.gdx.scenes.scene2d.Stage.touchUp(Stage.java:354)
    at com.badlogic.gdx.backends.lwjgl.LwjglInput.processEvents(LwjglInput.java:316)
    at com.badlogic.gdx.backends.lwjgl.LwjglApplication.mainLoop(LwjglApplication.java:210)
    at com.badlogic.gdx.backends.lwjgl.LwjglApplication$1.run(LwjglApplication.java:123)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: com.badlogic.gdx.physics.box2d.Shape
    at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:381)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)
    at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:331)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)
    ... 12 more