Java 如何执行批处理文件&。使用jspservlet的exe文件？

我正在以

FASTA格式

为blast提供输入。之后，我想在我的项目文件夹中创建

序列.FASTA

文件。我想执行批处理文件，参数为

blastp.exe

file、

sequence.FASTA

file、数据库文件、输出文件

创建sequence.FASTA文件时没有问题

 ERROR IN: the batch file is not execute, So the I am not able to get the output file for display.

ERROR is : java.io.FileNotFoundException: D:\workspace\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp4\wtpwebapps\toxin-data\outputprotein.txt (The system cannot find the file specified)

我的代码如下：

protected void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response) throws ServletException, IOException {
response.setContentType("text/html");
PrintWriter out=response.getWriter();
String values=request.getParameter("t1");

ServletContext servletContext = request.getSession().getServletContext();
servletContext = request.getSession().getServletContext();
String path="//sequence.FASTA"; /*file is created in getRealPath()*/
String uploadFile=servletContext.getRealPath(path);

File outputFile = new File(uploadFile);
FileWriter fout = new FileWriter(outputFile);
fout.write(values);
fout.close();

servletContext = request.getSession().getServletContext();
String blastPath="//blast.bat";
String blastBat_path=servletContext.getRealPath(blastPath);
Process process = new ProcessBuilder(blastBat_path).start();
try {
    process.waitFor();
} catch (InterruptedException e) {e.printStackTrace();} 
    process.destroy();

    /* to read output file for display */
    BufferedReader br1=null;
    br1= new BufferedReader(new FileReader(servletContext.getRealPath("//outputprotein.txt")));
    try {
        StringBuilder sb = new StringBuilder();
        String line1 = br1.readLine();

        while (line1 != null)  {
            sb.append(line1);
            sb.append(System.lineSeparator());
            line1 = br1.readLine();
        }
        String everything = sb.toString();
        out.println("<pre>"+everything+"</pre>");
    } finally {
        br1.close();
    } 
    fout.close();
}

protectedvoiddopost（HttpServletRequest请求，HttpServletResponse响应）抛出ServletException，IOException{
response.setContentType（“text/html”）；
PrintWriter out=response.getWriter（）；
字符串值=request.getParameter（“t1”）；
ServletContext=request.getSession（）.getServletContext（）；
servletContext=request.getSession（）.getServletContext（）；
String path=“//sequence.FASTA”/*文件是在getRealPath（）中创建的*/
String uploadFile=servletContext.getRealPath（路径）；
File outputFile=新文件（上传文件）；
FileWriter fout=新的FileWriter（outputFile）；
fout.写入（值）；
fout.close（）；
servletContext=request.getSession（）.getServletContext（）；
字符串blastPath=“//blast.bat”；
字符串blastBat_path=servletContext.getRealPath（blastPath）；
Process Process=新的ProcessBuilder（blastBat_路径）.start（）；
试一试{
process.waitFor（）；
}catch（InterruptedException e）{e.printStackTrace（）；}
process.destroy（）；
/*读取输出文件以进行显示的步骤*/
BufferedReader br1=null；
br1=新的BufferedReader（新的文件阅读器（servletContext.getRealPath（“//outputprotein.txt”）；
试一试{
StringBuilder sb=新的StringBuilder（）；
字符串line1=br1.readLine（）；
while（第1行！=null）{
sb.追加（第1行）；
sb.append（System.lineSeparator（））；
line1=br1.readLine（）；
}
String everything=sb.toString（）；
out.println（“+一切+”）；
}最后{
br1.close（）；
} 
fout.close（）；
}

这里的

getRealpath（）

是：

D:\workspace.metadata.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp4\wtpwebapps\toxin data

---

您确定文件位于您尝试执行它的位置吗？您是说

getRealPath（）

为您提供

…\tmp4\wtpwebapps\public\u html

，并且您可以调用

servletContext.getRealPath（“//outputprotein.txt”）

。但与此同时，您会收到一条错误消息，表示无法在

处找到该文件…\tmp4\wtpwebapps\toxin data\outputprotein.txt

。这些目录不匹配，您真的确定文件在Servlet认为的位置吗？它不是关于outputprotein.txt的。它s关于blast.batch文件，该文件不用于创建outputprotein.txt文件.ya。。该文件位于要执行的同一文件夹中