Java中通过文本文件输入的DNA数据

我们有一个小组项目，从用户输入的文本文件中获取数据。我们已经创建了一个方法来获取输入，并将数据保存到输出文件中，但我仍然无法确定如何读取文件，因为我们创建的方法将读取整个文件。目前它只是打印到控制台

public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException {
    Scanner in = new Scanner(new File("dna.txt"));  //create scanner object for dna.txt
    processFile(in);//call the method using scanner as parameter
    File outputFile = new File("DataOutput.txt");
    PrintStream fileOutput = new PrintStream(outputFile);
    fileOutput.close();
    }                               

public static void processFile(Scanner in) throws FileNotFoundException{
    Scanner console = new Scanner(System.in);//open Scanner in the console         
    System.out.println("File to be read: ");//prompt user to enter the txt file
    String inputFile = console.next();//turns file into string and read in console
    while (in.hasNextLine()){//while stuff is in file, keep looping
        String s = in.nextLine();//contents in file = string s. we can now process s with arrays
        System.out.println(s);//print s
    }   


    }
}

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这让我很困惑。通过字符串inputFile看起来还可以，但是while循环在in参数上运行，该参数不是inputFile变量，我想你认为它是输出文件的文件名？。好的，是的，这就是我认为我做错了但无法判断的地方。我只是有一个困难的时间，因为没有while循环，它只是将我的txt文件打印到控制台，但我需要它被我稍后调用的方法读取。要读取该文件，谢谢大家，我们都解决了！