从java启动ClustalX2和其中的一个文件

我仅使用/home/b/Desktop/clustalx-2.1-linux-i686-libcppstatic/clustalx从Java成功启动了clustalx，但无法直接启动其中的文件。 以下是我尝试过的代码：

 String[] command= {"/home/b/Desktop/clustalx-2.1-linux-i686-libcppstatic/clustalx", "/home/b/Desktop/clustalx-2.1-linux-i686-libcppstatic/"+ "infile=F1F2CXAT211-alignment.aln" +".input"};
 String outlist[] = runCommand(command);

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它在不显示clustalx的情况下成功运行。

您尝试过nohup吗？我尝试过nohup，但程序仍然保持不变。请尝试用一个示例代码进行帮助