Linux 在snakemake上运行管道需要裸露的骨骼？

我必须对基因信息进行插补，但脚本和文件位于不同的位置。对于CAN（集群）也涉及到一些并行作业。为了完成任务，需要太多的手动运行等待

为了简化混乱，我想将这些bash脚本放在Snakemake管道中。预期结果将是一个Snakefile，其中的规则仅由shell脚本组成，因为已经指定了输入/输出文件

为此，我必须运行以下简单示例：

假设我们有一个名为test.txt的输入，包含列表：

13 234 34 4

和用于排序的bash脚本，称为test.sh：

sort -n test.txt > test1.txt

为了通过Snakemake运行此脚本，我制作了Snakefile：

rule sort:
    shell:
            "path/to/test.sh"

当我使用命令运行它时

snakemake Snakefile 

我发现以下错误：

/usr/bin/bash: path/to/test.sh: Permission denied

---

你们能告诉我为什么这样的语法对snakemake不起作用吗？

所以评论中暗示了这个问题

可能存在两个问题。一个是文件路径不正确，另一个是路径正确，但文件“不可执行”

如果文件不是可执行文件，那么它与snakemake没有什么关系。不过，解决办法很简单。只需使用@CharlesDuffy建议的命令：

chmod +x path/to/test.sh

---

你的问题更适合我。本网站用于编程相关问题。

test.sh

是否实际可执行（有效shebang，

chmod+x

等）？它上游的所有目录是否都是由运行构建工具的用户执行的？文件本身是否为同一帐户

+r

？充分展示您现有的调查，以便我们对从何处开始有一个合理的想法。Cyrus，这个问题围绕snakemake（或python，作为其基础）的正确语法展开。Snakemake在堆栈溢出问题上被广泛讨论。如果您在代码方面有问题，您首先必须提取一个代码，并将其与您的问题一起发布。此外，不要盲目地接受建议的标签，研究它们的描述，然后做出明智的决定。也就是说，作为一个新用户，如果您还没有阅读过，请阅读。@CharlesDuffy，如果添加了其他语法，例如“rule all:”、输入和输出，我可以运行类似的示例