Linux -bash：意外标记“done'；手稿

我很抱歉发布这个，但这让我发疯。我对bash脚本非常陌生，我真的很挣扎。我有以下格式的文件8_S58_L001.sorted.bam，我想从许多文件中提取第一个数字（本例中为8），并生成一个csv文件。这将给出下游函数处理样本的顺序。 脚本如下所示，它可以正常工作，但是每次运行它时，我都会遇到一个错误（-bash:syntax error near unexpected token'done'），我很难理解为什么。到目前为止，我已经花了两天的时间试图找到它的底部，并通过各种论坛进行了广泛的搜索

do
test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv
done

如果我只是跑

test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv

然后我得到了所需的输出，没有错误，但是如果它被合并到do语句中，我会得到上面的错误。我希望将它合并到一个更大的脚本中，所以我想首先处理这个错误

我应该说这是在基于linux的集群上运行的

有经验的人能告诉我哪里出了问题吗

提前谢谢

---

Sam

bash没有

do

语句，

done

是命令中的第一个字时，它是一个保留字

所以在

do

是一个语法错误

do

仅在

for

和

while

循环的上下文中有用，用于将条件与循环体分离

---

由于您在

done

上报告了一个语法错误，而不是

do

，因此我猜想您让Windows行结束符潜入了您的文件。Bash并不认为

\r

（CR）字符是特殊的，因此如果文件实际包含

do\r

，则该字符将被视为外部命令的名称。

您应该知道

grep.bam$

并没有实现您期望的功能。点是匹配任何单个字符的grep通配符，因此模式

.bam$

将匹配以“bam”结尾的4个或更多字符的任何字符串。如果您试图匹配以“.bam”结尾的所有字符串，则应转义点并写入

grep“\.bam$”

---

但正如前面的一位评论员正确指出的那样，您应该使用shell通配符（

ls*.bam

）而不是grep（

ls | grep.bam$

）

do用于循环。为什么您觉得需要将它放在一个没有循环的

do

语句中？没有

do

语句，就像没有

then

语句一样。有一个

for

语句和一个

while

语句，它们都包含单词

do

作为语法的一部分，就像

if

语句所使用的

then

一样。另外，如果您正在使用awk，您不需要grep和/或sed，因为awk可以做任何他们能做的事情，您应该做

ls*.bam

而不是

ls | grep bam

。最后，您需要引用您的变量。不要粗鲁，但脚本中的每一句话在某种程度上都是错误的。如果您发布一些示例输入和预期输出，我们可以让您走上正确的道路。感谢您的回复。多亏了rici，我想我已经找到了问题的根源。我一直盯着这段代码看了这么长时间，以至于我没有意识到实际上并不需要循环，因此可以省略do和done，它工作得很好。这是我第一次尝试bash脚本。这可能不是最优雅的解决方案，但它确实有效（我是生物学家而不是程序员）！它应该采取文件列表格式8_S58_L001.sorted.bam采取第一个数字并输出单个csv.rici，感谢您的回复。我一直在通过改编我在网上找到的其他脚本来处理我的数据。很多脚本中似乎都有do和done语句，但您要说的是，这个脚本没有任何问题，在这种情况下，我可以简单地删除do和done。Thanks@Sam：

while条件；做done

是一个语句<代码>做。。。完成没有。好的，我想我现在明白了。其他脚本已将do作为for循环的一部分。你可能已经猜到了，我是生物学家而不是程序员。非常感谢你的帮助！

do
  something
  something
done