然后在linux中解压进程

所以我有一个脚本可以解压一个文件：

#!/bin/bash -e 
# will unzip the data without removing the zipped version
gzip -dc $1 > RawData/unzipped/$(basename $1 .gz)

然后我想在解压后的文件上执行代码

# will run fast qc on the argument passed
fastqc RawData/unzipped/$(basename $1 .gz) --outdir=fastReports/

但第二个脚本似乎从未执行过。注意，这些都在同一个脚本中，所以我假设它将在第二个脚本之前执行初始脚本

拉链：

14624_1#10_1.fastq.gz  14624_1#12_2.fastq.gz  14624_1#4_1.fastq.gz  14624_1#7_1.fastq.gz
14624_1#10_2.fastq.gz  14624_1#1_2.fastq.gz   14624_1#4_2.fastq.gz  14624_1#7_2.fastq.gz
14624_1#11_1.fastq.gz  14624_1#2_1.fastq.gz   14624_1#5_1.fastq.gz  14624_1#8_1.fastq.gz
14624_1#11_2.fastq.gz  14624_1#2_2.fastq.gz   14624_1#5_2.fastq.gz  14624_1#8_2.fastq.gz
14624_1#1_1.fastq.gz   14624_1#3_1.fastq.gz   14624_1#6_1.fastq.gz  14624_1#9_1.fastq.gz
14624_1#12_1.fastq.gz  14624_1#3_2.fastq.gz   14624_1#6_2.fastq.gz  14624_1#9_2.fastq.gz

摘录：

14624_1#10_1.fastq  14624_1#12_1.fastq  14624_1#3_1.fastq  14624_1#5_2.fastq  14624_1#8_1.fastq
14624_1#10_2.fastq  14624_1#12_2.fastq  14624_1#3_2.fastq  14624_1#6_1.fastq  14624_1#8_2.fastq
14624_1#11_1.fastq  14624_1#1_2.fastq   14624_1#4_1.fastq  14624_1#6_2.fastq  14624_1#9_1.fastq
14624_1#11_2.fastq  14624_1#2_1.fastq   14624_1#4_2.fastq  14624_1#7_1.fastq  14624_1#9_2.fastq
14624_1#1_1.fastq   14624_1#2_2.fastq   14624_1#5_1.fastq  14624_1#7_2.fastq

您可以直接使用zcat并动态处理文件：

fastqc <(zcat path/to/file.gz)

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什么在这里不起作用？对不起，我想我已经解释过了：它正在解压文件，但是它没有处理数据，所以它没有运行fastqc。我已经检查过fastqc没有问题，因为我在所有文件解压后运行这个脚本，它工作得很好@InianIs RawData/unzip/$basename$1.gz生成单个文件还是多个文件？单个文件@Inianc您可以发布压缩文件的ls-l和解压缩文件的ls-l吗？可能有目录名吗？我一直在寻找进程替换，但问题是我还需要其他进程的解压文件，所以我不认为这是使用tee的方法。最后，我使用了fastqc$1，因为它支持zip ha

fastqc <(zcat path/to/file.gz | tee file)