Macos 在anaconda分发的python上安装igraph？（和graphviz）

我试图在Anaconda上安装igraph软件包，但到目前为止还没有成功。如果有人想办法得到它，我将非常乐意尝试！！下面是我尝试做的一些细节（如果你有在Anaconda上安装igraph的解决方案，你不必阅读！）

我使用的是MAC OS X Yosemite（MAC book Pro 2,3 GHz Intel Core i7）。以下是一些配置参数： MBP de Lecue：站点包lecueguillaume$哪个python /Users/lecuegillaume/anaconda/bin/python MBP de Lecue：站点包lecueguillaume$哪个pip /用户/lecueguillaume/anaconda/bin/pip

igraph应通过pip安装。因为，当我键入pip list时，我可以在列表中看到包igraph

python igraph（0.7）

但当我尝试导入igraph时，我得到的是：

MBP de Lecue：站点包lecueguillaume$python Python 2.7.8 | Anaconda 2.1.0（x86_64）|（默认，2014年8月21日，15:21:46） [GCC 4.2.1（Apple Inc.build 5577）]关于达尔文

导入图 回溯（最近一次呼叫最后一次）： 文件“”，第1行，在 文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/init.py”，第34行，在

文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/_igraph.py”，第7行，在 文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/_igraph.py”，第6行，在引导程序中 导入错误：dlopen（/Users/lecuegillaume/.python-eggs/python_-igraph-0.7-py2.7-macosx-10.5-x86_-64.egg-tmp/igraph//u-igraph.so，2）：未加载库：libxml2.2.dylib 引用自：/Users/lecuegillaume/.python-eggs/python_-igraph-0.7-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg-tmp/igraph//u-igraph.so 原因：库版本不兼容：_igraph.so需要版本12.0.0或更高版本，但libxml2.2.dylib提供版本10.0.0

所以问题来自libxml2-2。我尝试用brew升级libxml： MBP de Lecue：站点包lecueguillaume$brew升级libxml2 错误：已安装libxml2-2.9.2

1） 我不明白的第一件事是libxml2.2版本12.0.0似乎不存在。上的最新版本是9.2。那么为什么igraph要求12.0版呢？（我确实错过了一些东西）

brew没有帮助是因为它没有更新正确的libxml： MBP de Lecue：站点包lecueguillaume$哪个brew /usr/local/bin/brew

2） 我怎样才能告诉brew更新Anaconda/pkgs中的Anaconda libxml库

3） 我还尝试使用conda pipbuild python igraph安装graph。一切进展顺利：成功安装了python igraph 除了它必须自己安装igraph的C内核，而我已经安装了它： 安装收集的软件包：pythonigraph 运行针对python igraph的setup.py安装 使用pkg config在此系统上找不到igraph的C内核。 我们现在将尝试从头开始下载和编译C核心。 C内核的版本号：0.7 我们还将尝试：0.7.0

因此，看起来康达的安装效果不错，但“导入igraph”仍然不起作用

4） 最后，当我使用内置MAC版python时，igraph工作得很好： MBP de Lecue：站点包lecueguillaume$哪个python2.7 /opt/local/bin/python2.7 MBP de Lecue：站点包lecueguillaume$python2.7 Python 2.7.8（默认值，2014年7月13日，17:11:32） [GCC 4.2.1达尔文兼容苹果LLVM 5.1（clang-503.0.40）] 有关详细信息，请键入“帮助”、“版权”、“信用证”或“许可证”

导入图

因此igraph在python的MAC版本中安装得很好，但在Anaconda版本中却没有。因为我使用的是Anaconda笔记本（它可以与Anaconda python一起工作），所以我想在上面安装igraph

抱歉问了这么长的问题（这是我第一次问问题）。graphviz包（安装在MAC python2.7版本上，但不安装在Anaconda python版本上）也有同样的问题

非常感谢您的帮助

---

纪尧姆。

好的，这里有多个问题，所以我将尝试逐一回答

您看到的版本号与libxml2的“官方”版本号没有任何关系（顺便说一下，在撰写本文时是2.9.2，而不是9.2）。这是库的应用程序二进制接口（ABI）的版本号。一些项目选择保持ABI的版本号与库的“公共”版本号同步，但这不是必需的。您可以使用

otool-L

在Mac上检查库的ABI版本；e、 例如，

otool-L/usr/lib/libxml2.2.dylib

在Mac上为我提供了

当前版本10.9.0

现在，您的系统上似乎有多个

libxml2

副本。一个来自OSX本身，它位于

/usr/lib

中。另一个是从brew安装的-它位于

/usr/local/lib

中的某个位置。也许还有第三个来自蟒蛇。问题是igraph在编译时链接到其中一个（使用ABI版本12.0.0），但当您尝试导入igraph时，系统找不到该libxml2，而是尝试链接到另一个使用ABI版本10.0.0的libxml2。这件事由你来解决。首先，我会在您的机器上查找所有出现的

libxml2*.dylib

，并在所有这些机器上运行

otool-L

，查看哪一个具有ABI 12.0.0版-这就是igraph链接的机器。然后，您可以尝试在编译和安装igraph时临时重命名此库（以防止链接器找到它并链接到它），并在安装完成后重新重命名它。通过这种方式，您可以获得igraph的编译版本，该版本链接到libxml2的“正确”版本

Brew不会安装来自Anaconda Python的libxml2，这是正确的——让一个软件（即Brew）运行通常是个坏主意