gnu makefile如何从patsubst管理3个参数

我需要编写一个简单的makefile来启动一个程序。这个程序需要两个输入参数和一个输出，这取决于输入文件 我在RAW/directory上有所有输入。该文件的基本名称相同，但我需要两个文件R1和R2

RDIR=原始 OUTDIR=最终 RFILES:=$（通配符$（RDIR）/*\u R1\u 001.fastq.gz） OUTFILE=$（patsubst%\u R1\u 001.fastq.gz、%\u R2\u 001.fastq.gz、$（RFILES）） OUTKAL=$（patsubst$（RDIR）/%\u R1\u 001.fastq.gz，$（OUTDIR）/%，$（RFILES）） .冒牌货 全部：$（OUTFILE）$（RFILES）$（OUTDIR）$（OUTKAL） $（输出文件）：$（R文件） -echo$FINAL/A -echo“工具-i”$”$@ $（OUTDIR）： mkdir-p$（OUTDIR） 清洁：： $（RM）-rf$（OUTDIR） 做这样一个comand的简单方法是什么

`tools A_R1_001.fastq.gz -b "A_R2_001.fastq.gz" > FINAL/A` `工具A_R1_001.fastq.gz-b“A_R2_001.fastq.gz”>最终版/A` 那么如何组合此patsubst？

此：

$(OUTFILE): $(RFILES)
    ...

是错误的构造。它使所有输入文件成为每个输出文件的先决条件。此外，您似乎打算构建

FINAL/A

，但此规则告诉Make其目的是构建

RAW/A_R2_001.fastq.gz

，这将导致问题

我们需要的是：

FINAL/A: RAW/A_R1_001.fastq.gz $(OUTDIR)
    tools A_R1_001.fastq.gz -b "A_R2_001.fastq.gz" > FINAL/A

但对于所有输入文件，我们编写了一个

然后我们简化

all

规则：

all: $(OUTKAL)

我们完成了

FINAL/%: RAW/%_R1_001.fastq.gz $(OUTDIR)
    tools $*_R1_001.fastq.gz -b "$*_R2_001.fastq.gz" > $@

all: $(OUTKAL)