MATLAB中的DNA到2位二进制表示

我想将一个给定的DNA序列转换成它相应的2位二进制序列，遵循以下规则：

a=00

，

C=01

，

T=10

，

G=11

。我已经编写了以下代码

str = 'ATTCGA';
[~,idx]= ismember(upper(str),'ATCG');
C= {'00', '10', '01', '11'};
z= [c{idx}]-'0';
R = 0.992;
theta = (2*pi)/3;
b = [1 0 -1];
a = [1 -2*R*cos(theta) R^2];
u = filter(b,a,z);
Y = abs(u).^2; 
plot(Y/max(Y)); 
axis([0 8000 0 1.05]);

但问题是代码每个单元生成一个位，而我每个单元需要2个位：

---

您进展顺利，只是以错误的方式建立索引/连接：

str     = 'ATTCGA';
[~,idx] = ismember(upper(str),'ATCG');
dna_map = {'00', '10', '01', '11'};

% Index with parentheses instead of braces, and don't concatenate
dna_bin = dna_map(idx)

这将为您提供相应的单元格数组：

dna_bin = 
    '00'    '10'    '10'    '01'    '11'    '00'

---

不确定您想对其余步骤做什么，尽管…

您正在顺利进行，但您只是以错误的方式进行索引/连接：

str     = 'ATTCGA';
[~,idx] = ismember(upper(str),'ATCG');
dna_map = {'00', '10', '01', '11'};

% Index with parentheses instead of braces, and don't concatenate
dna_bin = dna_map(idx)

这将为您提供相应的单元格数组：

dna_bin = 
    '00'    '10'    '10'    '01'    '11'    '00'

---

不确定要对其余步骤执行什么操作，但是…

您希望

z

中的结果是什么？z将是通过数字滤波器传递的二进制数序列。但是您希望如何表示这些二进制数？当前，示例中的

z

获取值

[0,0,1,0,0,0,1,1,1,0,0]

。请编辑该问题，以逐字显示您希望它是什么。您希望

z

中的结果是什么？z将是通过数字过滤器传递的二进制数序列。但您希望如何表示这些二进制数？当前，示例中的

z

获取值

[0,0,1,0,0,0,1,1,1,0,0]

。请编辑问题，以显示您想要的内容。前面代码的输出为单元格格式。我想对转换后的序列应用fitter。matlab中“过滤器”的输入仅采用单次或双次。这就是为什么我使用z=[c{idx}]-'0''将一个单元格转换为double。@Subhajit…那么，我不清楚您想要实现什么。为什么不映射到

0

-

3

，在

过滤器中使用它，并在需要时和需要时将其转换回二进制？上一个代码的输出是单元格格式。我想对转换后的序列应用fitter。matlab中“过滤器”的输入仅采用单次或双次。这就是为什么我使用z=[c{idx}]-'0''将一个单元格转换为double。@Subhajit…那么，我不清楚您想要实现什么。为什么不映射到
0
-
3
，在
过滤器中使用它，并在需要时和需要时将其转换回二进制？