如何在Matlab中编写以下用于MS蛋白质分析的函数?

如何在Matlab中编写以下用于MS蛋白质分析的函数?,matlab,bioinformatics,protein-database,Matlab,Bioinformatics,Protein Database,我需要你的帮助。我有超过40000个fasta文件格式的蛋白质 首先我想写一个函数: 这可以计算出b-和y-离子的质量 从目标蛋白质mat文件创建肽数据库 这将创建一个来自诱饵蛋白质mat文件的肽数据库 然后,我想: 加载观测数据 在给定一定ppm精度的情况下,过滤肽数据库中的候选肽 编写一个函数,根据观察到的数据对候选肽进行评分 提出一个阈值方案来区分真正的肽谱匹配和虚假的肽谱匹配 首先,FASTA是文本文件格式。要编写文本文件,请查看fopen、fprintf和fclose的MATLAB文档

我需要你的帮助。我有超过40000个fasta文件格式的蛋白质

首先我想写一个函数:

这可以计算出b-和y-离子的质量 从目标蛋白质mat文件创建肽数据库 这将创建一个来自诱饵蛋白质mat文件的肽数据库 然后,我想:

加载观测数据 在给定一定ppm精度的情况下,过滤肽数据库中的候选肽 编写一个函数,根据观察到的数据对候选肽进行评分 提出一个阈值方案来区分真正的肽谱匹配和虚假的肽谱匹配
首先,FASTA是文本文件格式。要编写文本文件,请查看fopen、fprintf和fclose的MATLAB文档。要从您编写的数据文件中加载文本,可以使用fopen、fscanf和fclose。事实上,MATLAB也有fastainfo、fastaread和fastawrite。您应该查看这些命令以及其他FASTA相关和蛋白质分析相关命令的MATLAB文档,这些命令可能对您有用。我还没有完成蛋白质分析,所以我不能说您需要哪些命令


此外,你在一个问题中问了这么多问题,不可能全部回答,因为你的问题是我如何编写我的整个程序?。但是我认为你可以从我列出的命令开始,当你编写了一些代码,并且有了一个定义良好的问题,你试图自己解决,然后你可以发布一个关于它的新问题,包含代码的相关部分。

MATLAB的生物信息学工具箱包含构建块例程,您可以将这些例程组合在一起实现这一点。如果你在把它们放在一起时遇到了一个特定的问题,请发布特定的问题。

你有特定的问题吗?你几乎是在要求人们为你编写整个程序?试着自己一步一步地做,并在遇到具体的技术挑战时提出具体的问题。