Modeling 如何将多个roc绘制在一起?
我想找到一些好的预测因子(基因)。这是我的数据,日志如下:Modeling 如何将多个roc绘制在一起?,modeling,glm,roc,Modeling,Glm,Roc,我想找到一些好的预测因子(基因)。这是我的数据,日志如下: TRG CDK6 EGFR KIF2C CDC20 Sample 1 TRG12 11.39 10.62 9.75 10.34 Sample 2 TRG12 10.16 8.63 8.68 9.08 Sample 3 TRG12 9.29 10.24 9.89 10.11 Sample 4 TRG45 11.53 9.22 9.35 9.13 Sample 5 TRG45
TRG CDK6 EGFR KIF2C CDC20
Sample 1 TRG12 11.39 10.62 9.75 10.34
Sample 2 TRG12 10.16 8.63 8.68 9.08
Sample 3 TRG12 9.29 10.24 9.89 10.11
Sample 4 TRG45 11.53 9.22 9.35 9.13
Sample 5 TRG45 8.35 10.62 10.25 10.01
Sample 6 TRG45 11.71 10.43 8.87 9.44
我计算了不同模型的混淆矩阵,如下所示
1-我在该代码中分别测试了23个基因中的每一个,每个基因的p值均<0.05,仍然是一个良好的预测因子;例如,对于CDK6,我已经完成了
glm=glm(TRG ~ CDK6, data = df, family = binomial(link = 'logit'))
最后,我获得了五个基因,并将它们放入这个模型中:
final <- glm(TRG ~ CDK6 + CXCL8 + IL6 + ISG15 + PTGS2 , data = df, family = binomial(link = 'logit'))
final我将使用pROC包给您一个答案。免责声明:我是该软件包的作者和维护者。有其他方法可以做到这一点
您看到的绘图可能是由pROC函数生成的。为了从glm模型生成这样的图,您需要1)使用predict
函数生成预测,2)生成roc曲线并将其存储在列表中,最好命名为自动获取图例,3)调用ggroc
glm.cdk6 <- glm(TRG ~ CDK6, data = df, family = binomial(link = 'logit'))
final <- glm(TRG ~ CDK6 + CXCL8 + IL6 + ISG15 + PTGS2 , data = df, family = binomial(link = 'logit'))
rocs <- list()
library(pROC)
rocs[["CDK6"]] <- roc(df$TRG, predict(glm.cdk6))
rocs[["final"]] <- roc(df$TRG, predict(final))
ggroc(rocs)
glm.cdk6不能从混淆矩阵构建ROC曲线。看见你有什么数据?非常感谢我制作了模型,我用更多信息编辑了我的问题