Can'；找不到Athena+所需的现有文件（hdf5、h、mpi.h、fftw3.h、libGLU.so.1）+；参观

我对Linux比较陌生，正在尝试使用一个程序（Athena++-，一个磁流体动力学代码）进行研究

我遵循了教程，可以运行更简单的模拟，但是对于任何需要mpi或hdf5的东西，我遇到了一个问题，它说 致命错误：hdf5.h:没有这样的文件或目录

[sferrel6@phys44222 athena]$ make
g++  -O3 -std=c++11 -c src/main.cpp -o obj/main.o
In file included from src/main.cpp:43:0:
src/outputs/outputs.hpp:22:18: fatal error: hdf5.h: No such file or directory
 #include <hdf5.h>
                  ^
compilation terminated.
make: *** [obj/main.o] Error 1

我已经尝试在.bash_配置文件（我在RHEL7上）中更新我的路径以包含这些路径，但没有效果-仍然是相同的错误。我也尝试过使用export

CPATH='~/local/anaconda2/include'

，但这没有帮助

请注意，我在一台大学机器上工作，这意味着我不能使用sudo（为什么一切都是通过anaconda）。 而且，这意味着我的目录结构有点非正统

~是nethome/myname，空间非常有限，所以我所有的工作都在/localdata/myname，可以通过符号链接~/local访问

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我还尝试将这些特定文件复制到我的Athena目录（~/local/Athena，我运行我的Athena Makefile的源目录），希望它能够找到它们，我可以更好地诊断问题。也没有运气。

能够通过使用

cpp-v

测试编译器搜索路径来解决这个问题，这确定了我的搜索路径没有找到那些不同的.h文件。我使用

export CPATH='/nethome/myname/local/anaconda2/include:/nethome/myname/local/anaconda2/lib'

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我确信有更好的方法可以做到这一点（因为我在各种谷歌搜索中看到了使用CPATH的警告），但如果你碰巧遇到了这个问题，至少这是我发现对我有效的方法。

我用

cpp-v

测试了搜索路径，发现我所有的搜索路径都在

usr

中，因此添加了（使用CPATH，不知道我对此有何感想）

nethome/myname/local/anaconda2/include

克服了大部分错误。我似乎仍然有一个库错误，因为它找不到-lhdf5

$ find -iname "mpi.h"
~/local/anaconda2/pkgs/openmpi-4.0.1-hc99cbb1_2/include/mpi.h
~/local/anaconda2/include/mpi.h

find -iname "libGLU.so.1"
~/local/anaconda2/lib/libGLU.so.1
~/local/anaconda2/pkgs/libglu-9.0.0-hf484d3e_1/lib/libGLU.so.1

export CPATH='/nethome/myname/local/anaconda2/include:/nethome/myname/local/anaconda2/lib'