Parsing 这是一个有效的Genbank功能描述还是一个Biopython bug?
我偶然发现了一个Genbank格式的文件(这里显示为一个最小的虚拟示例),其中包含如下嵌套功能:Parsing 这是一个有效的Genbank功能描述还是一个Biopython bug?,parsing,biopython,Parsing,Biopython,我偶然发现了一个Genbank格式的文件(这里显示为一个最小的虚拟示例),其中包含如下嵌套功能: FEATURES Location/Qualifiers xxxx_domain complement(complement(1..145)) 这种特性使当前的Biopython Genbank解析器(1.59版本)崩溃,但在以前的版本(例如1.55版本)中显然没有。显然,该行为已经出现在1.57中(见下面的评论) 从Biopython bugtracke
FEATURES Location/Qualifiers
xxxx_domain complement(complement(1..145))
这种特性使当前的Biopython Genbank解析器(1.59版本)崩溃,但在以前的版本(例如1.55版本)中显然没有。显然,该行为已经出现在1.57中(见下面的评论)
从Biopython bugtracker上看,旧的locationparser代码似乎在1.56中被删除:
从上的格式描述可以推断,这很可能是无效的。(但请参见下面的评论)
有人能对此发表评论吗。也就是说,这是Biopython中的小故障还是Genbank文件的格式
完整演示文件:
LOCUS XXXXXXXXXXXXXX 240 bp DNA circular 17-JAN-2012
DEFINITION xxxxxx.
KEYWORDS xx.
SOURCE
ORGANISM
FEATURES Location/Qualifiers
xxxx_domain complement(complement(1..145))
/vntifkey="1"
/label=A label
/note="A note"
BASE COUNT 75 a 57 c 42 g 66 t
ORIGIN
1 tttacaaaac gcattttcaa accttgggta ctaccccctt ttaaatatcc gaatacacta
61 ataaacgctc tttcctttta ggtaaacccg ccaatatata ctgatacaca ctgatagttt
121 aaactagatg cagtggccga ccatcagatc tagtaggaaa cagctatgac catgattacg
181 cattacttat ttaagatcaa ccgtaccagt ataccctgcc agcatgatgg aaacctccct
//
显示错误的最小演示程序(假设安装了Biopython 1.59和Python 2.7,且上述文件为“test.gb”:
这与
raise LocationParserError(location_line)
Bio.GenBank.LocationParserError: complement(1..145)
我认为这是一个无效的位置。这是来自NCBI文件还是其他地方
请注意,对于Biopython 1.60(下一版本)我们计划将坏位置视为警告,而不是停止解析的错误。如果对您有帮助,我在v1.57上也会遇到同样的错误。略读一下,这似乎完全有效…谢谢。我编辑了主要帖子以包含注释。真正好的问题是,为什么任何人都会想要一个补语的补语…来自in内部数据源(与VNTI接触)。
raise LocationParserError(location_line)
Bio.GenBank.LocationParserError: complement(1..145)