Perl 要输出的系统命令出错

我想通过perl在输入文件的循环中运行ext软件（hmmer）命令（在linux中）

我用这条线

system "hmmbuild  $outfile $files";

其中$outfile是我的输出文件，而$files是我的输入文件

hmmbuild

是ext软件的命令

当我运行该程序时，它会为输出文件GLOB（0x1b94b220）提供错误代码

有谁能帮我指出哪里错了，如何改正

我尝试了exec命令，也使用了反勾号和括号

这正是我得到的输出信息。如何将结果打印到输出文件（$outfile）

脚本在这里

 #!/usr/bin/perl
 use Bio::AlignIO;
 use Bio::Align::AlignI;

 my $allfiles= 'allfilenames_alpha_hmms.txt';
  system "module load hmmer/3.1b1";
print "loaded hmmer\n";
 open(FIH, $allfiles);
 while ($min=<FIH>)
{ chomp($min);   my @pats=split " ",$min;
     foreach my $files(@pats)  {

     print $files; print "\n";

open(my $outfile,  '>',"$prefix.hmm");  

system "hmmbuild --amino $outfile $files";

print $outfile;
print "file saved\n";

# }
  }
 }
  print "\n\n\n\t   ###\tDONE\t###   \n\n";

#/usr/bin/perl
使用Bio：：AlignIO；
使用Bio:：Align:：AlignI；
my$allfiles='allfilenames_alpha_hmms.txt'；
系统“模块负载hmmer/3.1b1”；
打印“已加载的hmmer\n”；
打开（FIH，$allfiles）；
而（$min=）
{chomp（$min）；my@pats=split”“$min；
foreach my$文件（@pats）{
打印$文件；打印“\n”；
打开（我的$outfile，'>'，“$prefix.hmm”）；
系统“hmmbuild--amino$outfile$文件”；
打印$outfile；
打印“已保存文件\n”；
# }
}
}
打印“\n\n\t\t\t\t\t\t\t\t\n\n”；

如何将结果打印到输出文件（$outfile）

我认为

hmmbuild

需要一个文件路径？传递文件的路径，而不是

$outfile

中的内容

system "hmmbuild --amino $prefix.hmm $files";

---

用您正在使用的语言（本例中为Perl）标记您的问题。此外，GLOB不是错误代码，这是您的结果。您需要阅读文档和/或示例。

$outfile

不是文件，而是变量。其值不能是文件。这些是在磁盘上找到的。它可能应该是一个文件名，但似乎是一个文件句柄。您可能使用

open

使用

$outfile

作为文件句柄（第一个参数）。您的程序很可能需要的是

$outfile

中的文件名，而不是文件句柄。很明显，虽然它很可能需要文件名，但它肯定不需要文件句柄。除了字符串之外，无法将任何内容作为参数传递给程序。因此，请删除

打开的
，并更改为
系统“hmmbuild--amino$prefix.hmm$files”。。。除了
$prefix
似乎没有定义之外。
system "hmmbuild --amino $prefix.hmm $files";