“我怎样才能解决问题？”；由于编译错误，-e的执行被中止。”；当我'；我正在使用perl一行程序

我正在用Perl编写一个程序，它运行在MobaXterm上。我的问题是，我想让Perl运行Perl one liner（它通过另一个unix命令进行管道传输）。当我在终端中键入一行程序时，它工作得很好，但我似乎无法通过Perl使它工作

我在终端中的命令是

samtools view $file.bam | 
perl -ne 'if ($_ =~ m/NM:i:(\d+)/) {print $1, "chr(10)"}' > $file.nm 

我用文件

'M1.10.fasta'

我已复制了我的代码：

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my $read1 = 'Intesti-cocktail_R1.fastq'; 
my $read2 = 'Intesti-cocktail_R2.fastq'; 
my $dir = '/home/local1/balin/TestData/'; 

chdir($dir) or die "no dir"; #change directory 
opendir(DIR, '.') or die "no dir"; 
my @filelist = readdir(DIR); 
closedir(DIR); 

@filelist = grep(m/^M\d+\.\d+\.fasta$/, @filelist); # clean list of unwanted names


foreach my $file (@filelist) {
    my $cmd1 = "bwa index $file";
    my $cmd2 = "bwa mem $file $read1 $read2 | samtools view -Sb - > $file.bam"; 
    my $cmd3 = "samtools view $file.bam | perl -ne \"if ($_ =~ m/NM:i:(\\d+)/) {print $1, 'chr(10)'}\" > $file.nm";
    my $returnvalue1 = system($cmd1);
    my $returnvalue2 = system($cmd2);
    my $returnvalue3 = system($cmd3);
    print "Failed command1 ($returnvalue1): $cmd1\n" if $returnvalue1 != 0;
    print "Failed command2 ($returnvalue2): $cmd2\n" if $returnvalue2 != 0; 
    print "Failed command3 ($returnvalue3): $cmd3\n" if $returnvalue3 != 0;
}

我的错误消息是：

Use of uninitialized value $_ in concatenation (.) or string at Perl_BWAv2.pl line 21.
Use of uninitialized value $1 in concatenation (.) or string at Perl_BWAv2.pl line 21.
syntax error at -e line 1, near "( =~"
syntax error at -e line 1, near ";}"
Execution of -e aborted due to compilation errors.
Failed command3 (65280): samtools view M1.10.fasta.bam | perl -ne 'if ( =~ m/NM:i:(\d+)/) {print , "(10)"}' > M1.10.fasta.nm

---

您需要转义perl命令中的变量，以便它们不会被插值：

my $cmd3 = qq{samtools view $file.bam | perl -ne "if (\$_ =~ m/NM:i:(\\d+)/) {print \$1, 'chr(10)'}" > $file.nm};
#                                                      ^                             ^

但是，我建议不要产生新的perl进程，因为当您在当前perl脚本中执行操作时，它会使调试更容易：

open my $AM, '-|', 'samtools', 'view', "$file.bam" or die "Can't open samtools: $!";
open my $outfh, '>', "$file.nm" or die "Can't open $file.nm: $!";
while (<$AM>) {
    print $outfh $1, 'chr(10)' if m/NM:i:(\d+)/;
}
close $outfh;

打开我的$AM、-|'、'samtools'、'view'、“$file.bam”或die“无法打开samtools:$！”；
打开我的$outh，“>”、“$file.nm”或“无法打开$file.nm:$！”；
而（）{
如果m/NM:i:（\d+/），则打印$outph$1，'chr（10）'；
}
关闭$outph；

您需要转义perl命令中的变量，以便它们不会被插值：

my $cmd3 = qq{samtools view $file.bam | perl -ne "if (\$_ =~ m/NM:i:(\\d+)/) {print \$1, 'chr(10)'}" > $file.nm};
#                                                      ^                             ^

但是，我建议不要产生新的perl进程，因为当您在当前perl脚本中执行操作时，它会使调试更容易：

open my $AM, '-|', 'samtools', 'view', "$file.bam" or die "Can't open samtools: $!";
open my $outfh, '>', "$file.nm" or die "Can't open $file.nm: $!";
while (<$AM>) {
    print $outfh $1, 'chr(10)' if m/NM:i:(\d+)/;
}
close $outfh;

打开我的$AM、-|'、'samtools'、'view'、“$file.bam”或die“无法打开samtools:$！”；
打开我的$outh，“>”、“$file.nm”或“无法打开$file.nm:$！”；
而（）{
如果m/NM:i:（\d+/），则打印$outph$1，'chr（10）'；
}
关闭$outph；

在您的perl代码中，您将perl命令用双引号而不是单引号括起来；shell对这两个变量的处理方式完全不同，除非使用shell变量，否则应该使用单引号。恢复为单引号，并转义perl脚本不打算插入的$：

my $cmd3 = "samtools view $file.bam | perl -ne 'if (\$_ =~ m/NM:i:(\\d+)/) {print \$1, \"chr(10)\"}/ > $file.nm";

---

打印输入到系统的内容或打开的管道总是有帮助的。

在perl代码中，您将perl的命令括在双引号中，而不是单引号中；shell对这两个变量的处理方式完全不同，除非使用shell变量，否则应该使用单引号。恢复为单引号，并转义perl脚本不打算插入的$：

my $cmd3 = "samtools view $file.bam | perl -ne 'if (\$_ =~ m/NM:i:(\\d+)/) {print \$1, \"chr(10)\"}/ > $file.nm";

---

打印输入到系统的内容或打开的管道总是有帮助的。

此外，使用

打开我的$AM、-|'、'samtools'、'view'、“$file.bam”

等可能会避免从Perl调用Perl。@choroba添加了另一种方法。有效吗？据我猜测，它应该：-）此外，使用

打开我的$AM、-|'、'samtools'、'view'、“$file.bam”

等可能会避免从Perl调用Perl。@choroba添加了另一种方法。有效？据我猜测，它应该：-）