Perl 解析GenBank文件

我试图解析一个GenBank文件，以便获得登录号、定义、文件大小和DNA序列

有没有一种方法可以修改我的代码并使其更短，然后像在书中那样一次声明所有变量，并用一两段代码解析文件？

如果您有权访问，您可能会找到如下解决方案

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $in  = Bio::SeqIO->new( -file   => "input.txt",
                           -format => 'GenBank');

while ( my $seq = $in->next_seq ) {
    my $acc = $seq->accession;
    my $length = $seq->length;
    my $definition = $seq->desc;
    my $type = $seq->molecule;
    my $organism = $seq->species->binomial;

    if ($type eq 'mRNA'              &&
        $organism =~ /homo sapiens/i &&
        $acc =~ /[A-Za-z]{2}_[0-9]{6,}/ )
    {
        print "$acc | $definition | $length\n";
        print $seq->seq, "\n";
        print "\n";
    }
}

---

我能够从一个示例GenBank文件（input.txt）中捕获5个变量。它应该简化您的代码。

我使用了严格和警告。什么部位凹痕严重？我不知道是什么原因导致这种错误没有显示（多行）记录数组还是（单行）数组？是的，我试图将其全部拆分为多行字符串我已经整理了你的Perl代码。我还根据您显示的数据运行了它。它不会产生你所说的输出，但会消失，因为你显示的数据中没有分子类型信息。如果你让我们不断地请求你提供一些零碎的信息，那么你不可能得到一个有用的答案。请阅读并返回我们可以运行的内容，以获得与您相同的结果。到目前为止，这应该是一个新的概念question@HåkonHægland:my$record=$gbfiles[$i]语句意味着

@gbfiles

包含GenBank记录。（使

@gbfiles

成为一个可怕的标识符！）而且因为

@gbfiles

是从

拆分（/\/\/\s*/s，$gbfile）

创建的，我怀疑这些记录是否是单行文本。我们真的需要更多的信息