Perl 如何逐列读取CSV文件以进行转置？

我有以下格式的数据集：

snp,T2DG0200001,T2DG0200002,T2DG0200003,T2DG0200004
3_60162,AA,AA,AA,AA
3_61495,AA,AA,GA,GA
3_61466,GG,GG,CG,CG

实际数据要比这大得多，可以扩展到数百万行和大约1000列。我的最终目标是转置这个怪物，并将结果输出到一个文本文件（或CSV文件或其他文件，无所谓）

我需要把数据一块一块地输入我的电脑，以免我的内存过载。我逐行读取CSV文件，然后将其转置，然后写入文件。然后我循环并重复这些步骤，并在执行过程中附加到文本文件

当然，问题是如果结果是原始数据文件的转置，我应该逐列而不是逐行附加文本文件。但是一位朋友告诉我，这在Perl代码中是不可行的。我想知道我是否能逐列读取数据。是否有类似的东西，比如我在原始代码中使用的

while (my $row = $csv->getline ($fh)) {

---

可以返回列而不是行的？如果不需要将整个数据加载到内存中，则最好使用类似于Unix

cut

命令的命令。

如果文件不适合计算机内存，则程序必须多次读取。这是没有办法的

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可能有一些模块掩盖或隐藏了这一事实，比如DBD:：CSV，但它们只是在幕后做同样的工作

CSV只是一个文本文件；它由一大行文本字符组成，因此不存在对列的随机访问。理想情况下，您可以将CSV放入一个数据库中，然后该数据库就可以直接执行此操作

然而，除此之外，我相信您可以在Perl中巧妙地完成这项工作。我的方法是这样的：

my @filehandles;
my $line = 0;    

while (my $row = $csv->getline ($fh)<FILE>)
{
   #open an output file for each column!
   if (not defined $filehandles[0])
   {
       for (0..$#$row)
       {
           local $handle;
           open $handle, ">column_$_.txt" or die "Oops!";
           push @filehandles, $handle;
       }
   }

   #print each column to its respective output file.
   for (0..$#$row)
   {
       print $filehandles[$_] $row->[$_] . ",";
   }

   #This is going to take a LONG time, so show some sign of life.
   print '.' if (($line++ % 1000) == 0);
}

my@filehandles；
我的$line=0；
while（my$row=$csv->getline（$fh））
{
#为每列打开一个输出文件！
if（未定义$filehandles[0]）
{
对于（0..$#$行）
{
本地$handle；
打开$handle，“>column\u$\ ux.txt”或死“Oops！”；
推@filehandles，$handle；
}
}
#将每列打印到其各自的输出文件中。
对于（0..$#$行）
{
打印$filehandles[$\]$row->[$\].“，”；
}
#这将需要很长时间，所以要显示一些生命迹象。
如果（$line++%1000）==0，则打印“.”；
}

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最后，每一列将在其自己的文本文件中打印为一行。不要忘记关闭所有文件，然后再次打开它们进行读取，然后将它们一次写入一个输出文件。我猜这会很慢，但速度足够快，可以做数百万行，只要你不需要经常做。而且它不会面临内存限制。

反省一下，如果有数千列，这可能不是最好的方法。您可能会遇到打开文件数量的限制。如果这导致打开的文件句柄过多，您可以将其修改为分块工作。比如说，将前500列写入文本文件，然后将下500列写入文本文件，依此类推，直到完成为止。这样，您只需读取输入文件几次，而不是数千次。最后一件事：对于一个不那么麻烦的解决方案，有许多Perl模块实现了一个简单的数据库。一个例子是：对于打开的句柄太多的问题，通常的解决方法是，与数据库模块相比，只需要很少的代码更改。-1对于基本上重新发布，而不解释您收到的答案不合适的原因。-1当然有一种解决方法：，而不是逐列；那么只需要一个通行证。最终的结果是一样的。一般来说，“你不能在Perl中这么做”的答案注定会被推翻。