Perl 如何将文件作为输入并忽略新行字符

以下是fasta文件A的内容：

>1
PLAARRPRRGKSLAGFESLACSFPVVSRGFLASRSARSLSSEGGTMPDNRQ
PRNRQPRIRSGNEPRSAPAMEPDGRGAWAHSRAALDRLEKLLRCSRCTNIL
REPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPVCYTPAWIQDLKINRQLDSMIQL

>2
PLWRPAVPDAGRARPVWSRWSAASLWFLKASLLPALRGAFHPKAGRCRIIGS
RGTGSRGSAPGTSLVPRPPWNRMVAVPGPTVAPRSTAWRSCCAARVVLTF*E
SLCV*EDVSTSSVVIV*VTALELDVQCVTPRPGYKT*R*ID

>3
TPPLWRPAVPDAGRAWPVSSRWPAASRWFPEASLLPALRGAFHPKAGRCRII
GSRGTGSRGSAPGTSLVPRPPWNRMVAVPGPTVAPRSTAWRSCCAARVVLTF

现在我需要把文件A作为输入，找出1和2，然后是1-3之间存在的不匹配，还需要找出它们之间的核苷酸变化。到目前为止，我已经编写了一个程序，但它不接受fileA作为输入。好心帮忙

我的问题是我需要把文件A作为输入，序列在每51个核苷酸后包含新行字符，我的程序也会考虑新行字符来找出不匹配

节目：

$a=$b=；
@mul=（“$a”，“$b”）；
对于（$i=0；$i），如果我正确理解了您的问题，那么您可以从命令行读取文件，以便获得不同文件的结果。
在这里，我们读取每一行并获得源代码，然后在chomp之后，将每一行附加到相应的源代码中。然后您可以将任何一行与任何源代码内容进行比较

my $file = $ARGV[0];
open (FILE, $file);
my $file_content;
my $src_indx = 0;
while (my $line = <FILE>){
    chomp $line;
    $line =~ s/^\s+//;


    if ($line =~ /^\>(\d+)/){
        $file_content->{$1} = '';
        $src_indx = $1;

    }else{
        $file_content->{$src_indx} .= $line;
    }
}

print "\n\nComparision of source:  1 and 2\n";
print "------------------------------------\n";
$t = mutate($file_content->{1},$file_content->{2});
print $t;

sub mutate {
    my ($s1,$s2)=@_;
    $temp="";
    for($k=0;$k<length($s1);$k++) {
        $seq1=substr($s1,$k,1);
        $seq2=substr($s2,$k,1);
        if($seq1 ne $seq2) {
            $temp.="[$seq1($k)/$seq2($k)]";
        } 
    }
    return $temp;
}

my$file=$ARGV[0]；
打开（文件，$FILE）；
我的$file\u内容；
我的$src_indx=0；
while（我的$line=）{
chomp$行；
$line=~s/^\s+/；
如果（$line=~/^\>（\d+/）{
$file_content->{$1}=''；
$src_indx=$1；
}否则{
$file\u content->{$src\u indx}.=$line；
}
}
打印“\n\n源1和2的比较\n”；
打印“------------------------------------\n”；
$t=mutate（$file\u content->{1}，$file\u content->{2}）；
打印$t；
亚突变{
我的（$s1，$s2）=@；
$temp=“”；
对于（$k=0；$k），您可能希望阅读段落，这些段落在一行中用两个换行符标记。因此：

use strict;
use warnings;
my(@a);

{
    # Limit the scope in which you reset the $/ variable
    local($/) = "\n\n";
    while (<>)
    {
         s/\n+//gm;  # Remove all newlines
         push @a, $_;
    }
}

# Now your array contains three items with no newlines - process away...

使用严格；
使用警告；
我的（@a）；
{
#限制重置$/变量的范围
本地（$/）=“\n\n”；
而（）
{
s/\n+//gm；#删除所有换行符
按@a，$\ux；
}
}
#现在您的数组包含三个没有换行符的项-处理掉。。。
您的问题是什么？要删除新行字符，可以使用chomp或正则表达式s/\n//g@aki我也尝试过使用chomp…但它没有给出输出..无法解决问题。这是您的实际文件吗（我假设您的文件与上面粘贴的一样）。是在linux还是windows中。请您清楚地解释一下这个问题。这是否类似于，您的文件有三组行，并且在要打印的组之间，匹配的字符数与文件中的字符总数的比率。注意：输入中的换行符可能由“\r\n”标记，而不是“\n”@reinierpost:当然，它们也可以仅用“\r”标记（MacOS 9或更早版本）。如有必要，请进行调整。
use strict;
use warnings;
my(@a);

{
    # Limit the scope in which you reset the $/ variable
    local($/) = "\n\n";
    while (<>)
    {
         s/\n+//gm;  # Remove all newlines
         push @a, $_;
    }
}

# Now your array contains three items with no newlines - process away...