在Perl正则表达式编译中使用未初始化值

我有以下代码：

use strict;
use warnings;
use IO::File;
use Bio::SeqIO;

my ($file1) = $ARGV[0];
my ($file2) = $ARGV[1];

my $fh1 = IO::File->new("$file1")|| die "Can not create filehandle";
my $fh2 = IO::File->new("$file2")|| die "Can not create filehandle";

my @aligned_array = ();

while(my $line1 = $fh1->getline){

    chomp($line1);

    if (($line1 =~ /^match/)||($line1 =~ /^-/)) {

        next;

    }
    else {

        my @line_array = split(/\s+/, $line1);
        push(@aligned_array, $line_array[9]);

    }

}

my $fio1 = IO::File->new("> chimeric_contigs.txt")|| die "Can not create filehandle";
while(my $line2 = $fh2->getline) {
    my $count = 0;
    chomp($line2);

    for my $aligned (@aligned_array) {
        # print $line2.$aligned."\n";
        if ($line2 =~ m/$aligned/) {

            $count++;
        }
    }

    if ($count >= 2) {

        print $fio1 $line2."\n";
    }

}

$fio1->close;

我一直都犯同样的错误

在/gscuser/rfujiwar/bin/find\u chimeric\u contigs\u blat.pl第41行的regexp编译中使用未初始化值

这是第41行：if（$line2=~m/$aligned/）{

---

$line2和$aligned都是定义的，因为我可以毫无问题地打印它们。请帮助。

（从评论中转载，因为这最终解决了问题）都是

@aligned\u array

定义的所有元素吗？在第41行之前放入

下一行，除非定义了$aligned；

如果$line\u array[9]将其推送到@aligned_数组时未初始化：

---

换句话说，split在$line1中找不到十个空格分隔的元素（并且$#line_数组小于九个）。因此，不要将此行添加到数组中，或在$file1中修复输入。

打印它们时会得到什么？我期望的正确字符串Contig0.3Contig872.1 Contig0.3Contig872.1 Contig0.3Contig872.1 Contig0.3Contig872.1 Contig0.3contig0.3Contig873.1等…这是取消注释的结果#print$line2.$aligned.“\n”“

@aligned_array

的所有元素都定义好了吗？在第41行之前放入

下一行，除非定义了$aligned；

。谢谢Jack Maney

    my @line_array = split(/\s+/, $line1);
    push(@aligned_array, $line_array[9]);