使用Perl计算fasta文件中的核苷酸频率

请帮助改进以下代码。我无法在一行中打印序列。希望将输出打印成四行，每行的核苷酸频率为四个字符中的一个。提前感谢。

在此处输入代码

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $A;    
my $T;
my $G;
my $C;
my $fileIN;
my $fileOUT;

my $seq ;
open ($fileIN, "basecount.nfasta") or die "can't open file ";
open ($fileOUT, ">basecount.out") or die "can't open file ";

while (<$fileIN>)
{

             if ($_ =~/^>/)  #ignore header line
             {next;}

             else
                   {
                    $seq  = $_; #copy the all line with only nucleotide characters ATGC
                   }
            $seq  =~ s/\n//g; #create one single line containing all ATGC characters

             print "$seq\n"; # verify previous step

             my @dna = split ("",$seq); #create an array to include each nucleotide as array element

             foreach my $element (@dna)

            {
            if ($element =~/A/) # match nucleotide pattern and countstrong text
                            {
                             $A++;
                            }
             if ($element =~/T/)
                            {
                             $T++;
                            }
             if ($element =~/G/)
                            {
                             $G++;
                            }
             if ($element =~/C/)
                            {
                             $C++;
                            }

            }

            print $fileOUT "A=$A\n";
            print $fileOUT "T=$T\n";
            print $fileOUT "G=$G\n";
            print $fileOUT "C=$C\n";
}

close ($fileIN);
close ($fileOUT);

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
我的一美元；
我的$T；
我的$G；
我的$C；
我的$fileIN；
我的$fileOUT；
我的$seq；
打开（$fileIN，“basecount.nfasta”）或死亡“无法打开文件”；
打开（$fileOUT，“>basecount.out”）或死“无法打开文件”；
而（）
{
如果（$）#忽略标题行
{next；}
其他的
{
$seq=$\u；\ ATGC仅复制包含核苷酸字符的所有行
}
$seq=~s/\n//g；#创建一行，其中包含所有ATGC字符
打印“$seq\n”#验证上一步
my@dna=split（“，$seq）#创建一个数组，将每个核苷酸作为数组元素包含在内
foreach my$元素（@dna）
{
如果（$element=~/A/）#匹配核苷酸模式和countstrong文本
{
$A++；
}
如果（$element=~/T/）
{
$T++；
}
如果（$element=~/G/）
{
$G++；
}
如果（$element=~/C/）
{
$C++；
}
}
打印$fileOUT“A=$A\n”；
打印$fileOUT“T=$T\n”；
打印$fileOUT“G=$G\n”；
打印$fileOUT“C=$C\n”；
}
关闭（$fileIN）；
结案(分档);；

首先，我会使用一些快捷方式。更容易阅读：

use strict;
use warnings;
use feature 'say';
my $A;
my $T;
my $G;
my $C;
my $fileIN;
my $fileOUT;

open $fileIN,  '<',"basecount.nfasta" or die "can't open file basecount.nfasta for reading";
open $fileOUT, '>','basecount.out' or die "can't open file basecount.out for writing";

while ( my $seq = <$fileIN> ) {

  next if $seq =~ /^>/;
  $seq =~ s/\n//g;
  say $seq;

  my @dna = split //, $seq;

  foreach my $element ( @dna ) {
    $A++ if $element =~ m/A/;
    $T++ if $element =~ m/T/;
    $G++ if $element =~ m/G/;
    $C++ if $element =~ m/C/;
  }

  say $fileOUT "A=$A";
  say $fileOUT "T=$T";
  say $fileOUT "G=$G";
  say $fileOUT "C=$C";
}

close $fileIN;
close $fileOUT;

使用严格；
使用警告；
使用特征“说”；
我的一美元；
我的$T；
我的$G；
我的$C；
我的$fileIN；
我的$fileOUT；
打开$fileIN，'到底是什么问题？如果要获得所有行的频率，只需将打印语句移出循环谢谢，将打印语句移出循环就行了。我关心的是，尽管我已替换了\n字符，为什么我仍然在多行中看到核苷酸，而不是在一行中？因为你在用while语句逐行读取文件。如果要读取标量中的所有行，需要使其不同。例如，使用file：：slurp模块（在google中有更多的方法可以找到它们），似乎您只需要文件中所有序列的总核苷酸频率。这里有一行代码可以做到这一点：
perl-076-ne'chomp；s/+？\n/$h{$1}++while/（A | T | C | G）/G；结束{print“$\=$h{$\}\n”对于键%h}'infle.fa[>outFile.out]
最后一个可选参数将输出定向到文件。感谢改进；特别是"说",；这很有帮助。