Python 2.7 Python:嵌套for循环-未定义名称

首先，我必须指出，我不是程序员，所以这可能是一个愚蠢的问题，但我想了解这里发生了什么

程序应该遍历字符串（基因组），并滑动任意长度的窗口（在本例中为“l”）。它搜索给定长度（k）的重复字符序列，并记录序列的出现次数。我确实在整个字符串中找到了重复的序列，但所说的窗口让我感到不安。我尝试使用嵌套循环：

for i in range(len(genome) - k + 1):
    for c in range(len(genome))[c:c+l]:
        kmer = genome[i:i+k]
        if kmer in d:
            d[kmer] += 1
        else:
            d[kmer] = 1

我收到一个错误：“NameError:未定义名称“c” 这个问题的原因是什么？有没有一种简单易懂的解决方法？效率并不是很重要，所以我想保持一个类似的结构（我发现很多主题描述了避免使用嵌套for循环的方法，但我发现目前它非常混乱）

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提前感谢。

您在第二个

for

循环中定义了

c

，并尝试在同一语句中使用它。因此，

c

在开始

for

循环之前不会被定义，因此不会被定义

编辑

从你的评论来看，我相信你想做的是沿着基因组滑动一个长度为l的窗口。然后，您希望找到为一些k-mer（s）而丰富的窗口。为此，我将修改您的第二个循环，从当前窗口开始查看下一个

l

位置：

for c in range(i, i+l):

---

在第二个

for

循环中定义

c

，并尝试在同一语句中使用它。因此，

c

在开始

for

循环之前不会被定义，因此不会被定义

编辑

从你的评论来看，我相信你想做的是沿着基因组滑动一个长度为l的窗口。然后，您希望找到为一些k-mer（s）而丰富的窗口。为此，我将修改您的第二个循环，从当前窗口开始查看下一个

l

位置：

for c in range(i, i+l):

---

你打算对范围内的c（len（基因组））[c:c+l]做什么？for的

应该定义要迭代的
c
，因此不能在
for
表达式中使用
c
。谢谢，我理解这是一个多么愚蠢的错误。基本上，我希望第二个循环将原始字符串“限制”到某个长度，并在该窗口中查找重复性最强的字符序列-这就是问题的条件，查找最常见的序列，但同样，仅在字符串的一段中。“…我们的计划是沿着基因组滑动一个固定长度L的窗口，寻找一个k-mer连续出现几次的区域…”你能解释一下你想要
c
和
k
代表什么吗？我知道你正在滑动一个长度为
l
的窗口，但我不明白你想在该窗口内做什么。另外，我假设
d
是一个dict holding counts，但它应该保存看到的
kmer
s的总数，还是仅保存当前窗口中的数字？假设我有一个字符串“atcgatcgtagcgggcacggactgctgctagta”。这就是“基因组”变量。我需要找出最常出现的字母序列（在某个窗口中），其长度应为“k”。我使用“c”只是为了有一个计数器，它可以指示窗口的开始和结束，以便比较序列--edit--D保存长度“k”的每个不同序列在任何窗口中出现的次数。我只使用最大值，如果有更多相同出现的序列，我只打印它们，我已经在一个更简单的问题上这样做了。@user2984872:我已经编辑了我的答案，我认为您正在尝试实现的目标。您打算对范围内的c（len（基因组））[c:c+l]

做什么？for的

应该定义要迭代的
c
，因此不能在
for
表达式中使用
c
。谢谢，我理解这是一个多么愚蠢的错误。基本上，我希望第二个循环将原始字符串“限制”到某个长度，并在该窗口中查找重复性最强的字符序列-这就是问题的条件，查找最常见的序列，但同样，仅在字符串的一段中。“…我们的计划是沿着基因组滑动一个固定长度L的窗口，寻找一个k-mer连续出现几次的区域…”你能解释一下你想要
c
和
k
代表什么吗？我知道你正在滑动一个长度为
l
的窗口，但我不明白你想在该窗口内做什么。另外，我假设
d
是一个dict holding counts，但它应该保存看到的
kmer
s的总数，还是仅保存当前窗口中的数字？假设我有一个字符串“atcgatcgtagcgggcacggactgctgctagta”。这就是“基因组”变量。我需要找出最常出现的字母序列（在某个窗口中），其长度应为“k”。我使用“c”只是为了有一个计数器，它可以指示窗口的开始和结束，以便比较序列--edit--D保存长度“k”的每个不同序列在任何窗口中出现的次数。我只使用最大值，如果有更多的序列出现相同的情况，我只打印它们，我已经在一个更简单的问题上这样做了。@user2984872:我已经编辑了我的答案，我认为您正在尝试实现的目标。