Python 3.x rpy2.rinterface.rrontimeerror:错误：'；hdf5r'；

我编写了一个

python

脚本（python

3.6

），它使用

rpy2

<代码>R版本为

3.5.1

。当我运行importr（'Seurat'）时，它给出了一个错误：

/Users/kipnislab/anaconda3/envs/rmain/lib/python3.6/site packages/rpy2/rinterface/init。py:146:rrentimewarning:错误：“Seurat”的包或命名空间加载失败： .onLoad在“hdf5r”的loadNamespace（）中失败，详细信息： 电话：fun（libname，pkgname） 错误：检索当前错误处理程序时出错

从中我看到，

importr（'Seurat'）

需要导入

hdf5r

，但它失败了。我在一个虚拟的

conda

环境中工作。启动

R

并运行

library（'Seurat'）

工作正常。如果我只打开

spyder

并运行

importr（'Seurat'）

它也可以正常工作，但在终端运行时：

python Seurat_clustering.py

会失败，出现上述错误。我使用

conda

和

R

内部安装了

hdf5r

，但没有任何帮助。如果我在

spyder

中运行

importr（'hdf5r'）

，它会给出一个有趣的警告，在这里可能很重要（但不是错误，因此它实际上可以正常加载）：

/Users/kipnislab/anaconda3/envs/rmain/lib/python3.6/site packages/rpy2/rinterface/init.py:146:rrentimewarning:Error:lazy-load-database'/Users/kipnislab/anaconda3/envs/rmain/lib/R/library/hdf5r/R/hdf5r.rdb'已损坏

更新

这个问题仍然没有解决，但我在这里找到了问题。以下一个接一个的导入会导致问题：

import hdf5
from rpy2.robjects.packages import importr
seuratLib = importr('Seurat')

---

因此，有一个文件正在导入

hdf5

，以打开文件并加载正确的数据，但我无法导入

Seurat

。我想在导入

Seurat
之前应该有一种卸载
hdf5
的方法，最终我通过切换导入顺序解决了这个问题：首先导入所有与
rpy2
相关的包，然后导入
Seurat
，然后才导入
h5py
（在一个单独的文件中进行数据检索）

在
nice\u服务内部
我导入了
hdf5
很可能是conda和/或您的安装出现了问题。
from rpy2.robjects.packages import importr
seuratLib = importr('Seurat')
import nice_service as ns