如何使用fasta文件而不是biopython中的蛋白质序列创建多序列比对

我希望能够使用与脚本下载在同一目录中的文件编写多个序列比对。然而，在Biopython的食谱中，显示这一点的唯一方法是写出字符串，而不是加载文件。我希望能够做到后者。以下是如何在中进行多重序列对齐

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我们的目标是使用它从所有蛋白质序列中生成一个门树。

这个例子使用了三个SeqRecord对象，它们是使用提供的DNA字符串创建的

SeqIO.parse

允许您读取fasta格式的文件，并返回对齐的SeqRecord对象

例如：

导入操作系统
来自Bio import SeqIO
从Bio.Align导入多重对齐
#文件需要是包含文件名的列表
#使用例如。
#files=[f表示os.listdir（）中的f，如果f中的'fasta'
记录=[]
对于文件中的f：
对于SeqIO.parse（f，format='fasta'）中的记录：
记录。追加（记录）
align1=多重对齐（记录）

或者，如果您已经有序列文件，您可以将这些文件连接成一个序列文件，然后使用独立或在线模式下的工具

from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Align import MultipleSeqAlignment

align1 = MultipleSeqAlignment([
             SeqRecord(Seq("ACTGCTAGCTAG", generic_dna), id="Alpha"),
             SeqRecord(Seq("ACT-CTAGCTAG", generic_dna), id="Beta"),
             SeqRecord(Seq("ACTGCTAGDTAG", generic_dna), id="Gamma"),
         ])