用h5py在python中读取HDF5格式的MATLAB文件

我正在尝试使用h5py库读取python中的HDF5格式MATLAB文件。该文件名为“Q_visSDF_accurate.mat”，有两个键：“filename”和“sdf”。“filename包含一个单元格数组字符串。“sdf”是一个包含浮点数的[600149380]矩阵。使用以下代码提取变量sdf没有问题：

import h5py
data = h5py.File("Q_visSDF_accurate.mat", 'r')
sdf = data.get("sdf")[:,:]
sdf = sdf.astype(float)

但是，我无法读取文件名变量。我尝试了：

filename = data.get("filename")[0]

但代码返回：

array([<HDF5 object reference>, <HDF5 object reference>,
   <HDF5 object reference>, ..., <HDF5 object reference>,
   <HDF5 object reference>, <HDF5 object reference>], dtype=object)

数组（[,，
, ...,
，]，数据类型=对象）

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我可以取消引用filename变量的containt吗？使用HDF5存储包不是一个解决方案，因为它只适用于python 32位，并且只能读取matlab变量的子集。

在Octave中，我创建了一个包含单元格和矩阵的文件

>> xmat = [1,2,3;4,5,6;7,8,9];
>> xcell = {1,2,3;4,5,6;7,8,9};
>> save -hdf5 testmat.h5 xmat xcell

在带有

h5py

的

ipython

中，我发现该文件包含两个组

In [283]: F = h5py.File('../testmat.h5','r')
In [284]: list(F.keys())
Out[284]: ['xcell', 'xmat']

矩阵组有一个

类型

和

值

数据集：

In [285]: F['xmat']
Out[285]: <HDF5 group "/xmat" (2 members)>
In [286]: list(F['xmat'].keys())
Out[286]: ['type', 'value']
In [287]: F['xmat']['type']
Out[287]: <HDF5 dataset "type": shape (), type "|S7">
In [288]: F['xmat']['value']
Out[288]: <HDF5 dataset "value": shape (3, 3), type "<f8">
In [289]: F['xmat']['value'][:]
Out[289]: 
array([[ 1.,  4.,  7.],
       [ 2.,  5.,  8.],
       [ 3.,  6.,  9.]])

我必须使用

[…]

获取单元格的值，因为它是0d数组：

In [301]: F['xcell']['value']['_0']['value'][...]
Out[301]: array(1.0)

要真正复制这个问题，我应该创建字符串单元格值，但我认为这足以说明单元格是如何存储的——作为数据组中的命名数据集

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我假设Octave h5存储与MATLAB兼容。

您是否尝试过使用

hdf5存储

？它可以将基于hdf5的.mat文件读取为更有用的形式。我相应地编辑了我的原始帖子。您解决了这个问题吗？我仍然无法解决您的确切问题

In [301]: F['xcell']['value']['_0']['value'][...]
Out[301]: array(1.0)