Python Snakemake：仅扩展通配符的子集

我找不到解决这个可能很容易的问题的方法：

我有一个snakefile，它首先生成以下文件：

• 数据/样本1_P1.txt

• 数据/样本1_P2.txt

• 数据/样本2_P1.txt

• 数据/样本2_P2.txt

在下一步中，它只是将文件连接到一个文件

concatenated/concatenated.txt

这是最小的、可重复的示例：

pairs = {"P1" : "P1", "P2" : "P2"}

samples = {
    "sample1": "sample1",
    "sample2": "sample2"
}

rule all:
    input: "concatenated/concatenated.txt"

rule get_txt_files:
    output:
        "data/{sample}_{pair}.txt"
    shell:
        """
        echo 1 > {output}
        """

rule concatenate:
  input:
    expand("data/{sample}_{pair}.txt", sample=samples, \
        pair=pairs)
  output:
    "concatenated/concatenated.txt"
  shell:
    "cat {input} > {output};"

我的问题很简单：如何修改规则

连接

，使其连接具有相同示例名称的文件

预期的产出将是：

• 串联/sample1.txt

• 串联/sample2.txt

任何帮助都将不胜感激

编辑

我有一个非常类似的后续问题，因此我认为没有必要再次提出一个新问题：

如果我的预期输出如下：

• 数据/样本1/样本1\u P1

• 数据/样本1/样本1\u P2

• 数据/样本2/样本2_P1

• 数据/样本2/样本2\u P2

明确地说：我只想创建一个新的目录并将文件移动到定制的目录中

这样做似乎很直观：

pairs = {"P1" : "P1", "P2" : "P2"}

samples = {
    "sample1": "sample1",
    "sample2": "sample2"
}

rule all:
    input: expand("data/{sample}/{sample}_{pair}.txt", sample=samples, pair = pairs)

rule get_txt_files:
    output:
        "data/{sample}_{pair}.txt"
    shell:
        """
        echo 1 > {output}
        """

rule reorganise:
  input:
    expand("data/{{sample}}_{pair}.txt", \
        pair=pairs)
  output:
    "data/{sample}/{sample}_{pair}.txt"
  shell:
    "mv {input} data/{wildcards.sample}/.;"

你能发现问题吗

提前多谢

rule concatenate:
  input:
    expand("data/{{sample}}_{pair}.txt", pair=pairs)
  output:
    "concatenated/{sample}.txt"
  shell:
    "cat {input} > {output};"

在评论中回答问题：

from snakemake.io import expand # automatically imported in Snakemake 

expand("data/{{sample}}_{pair}.txt", pair="A B C".split())
# ['data/{sample}_A.txt', 'data/{sample}_B.txt', 'data/{sample}_C.txt']

---

rule all:input:expand（“concatenated/{sample}.txt”，sample=samples）

谢谢。我没有意识到

{{}}

符号。它是否基本上具有在直接环境中不解析的功能（即此处的扩展功能）？没问题；它是常规Python，用于避免格式化：

“{hi}}}{u{hi}.format（hi=“hei”）

变为“{hi}uhei”。我再次更新了我的问题。我对snakemake如何使用通配符有点困惑。我将非常感谢您在第二个问题上的帮助。您必须描述您的问题：您得到了什么输出？你希望或期待什么？请创建一个新问题：）我已将问题发布在此处：