Python 如何在不引用对象的情况下复制对象？

我不确定我的标题是否正确，但我认为引用是问题所在

我有一个读卡器对象，通过它我可以循环：

msrun = pymzml.run.Reader(mzmlFile)
for feature in msrun:
    print feature['id']

通过这段代码，我得到了msrun中所有特性的id，从1开始。但是，我需要首先循环代码，获取我想要的所有密钥并将它们放入列表中，如下所示：

def getKeys(msrun, excludeList):
    spectrumKeys = []
    done = False
    for spectrum in msrun:
        if done:
            break
        if spectrum['ms level'] == 2:
            for key in spectrum:
                if key not in excludeList and not key.startswith('MS:'): 
                    done = True
                    spectrumKeys.append(key)
            spectrumKeys.extend(spectrum['precursors'][0].keys())
            precursorKeys = spectrum['precursors'][0].keys()
            break
        return spectrumKeys, precursorKeys

objs = [copy.deepcopy(obj) for obj in pymzml.run.Reader(mzmlFile)]

for obj in objs:
    # do something
for obj in objs:
    # do something

但是，如果我要运行以下代码：

msrun = pymzml.run.Reader(mzmlFile)
specKeys, precursKeys = getKeys(msrun, ['title','name'])
for feature in msrun:
    print feature['id']

它从getKeys（）中未在循环中的id开始（从11开始，而不是1）。所以我猜pymzml.run.Reader（）的工作原理类似于生成器对象。所以我试着复制这个对象。首先我试过

copyMsrun = msrun
specKeys, precursKeys = getKeys(copyMsrun, ['title','name'])

但如果我理解正确的话，这也会产生同样的问题，因为执行copyMsrun=msrun会使它们指向相同的东西

然后我试着

import copy
copyMsrun = copy.copy(msrun)

但我还是有同样的问题。我使用copy.copy而不是copy.deepcopy，因为我认为Reader对象不包含其他对象，当我尝试deepcopy时，我得到了

TypeError: object.__new__(generator) is not safe, use generator.__new__().

那么，我如何复制一个对象，使循环通过一个对象不会影响另一个对象呢？我该怎么办

msrun = pymzml.run.Reader(mzmlFile)
copyMsrun = pymzml.run.Reader(mzmlFile)

?

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编辑： 在艾德·余的评论中，我也尝试过，但当我这么做的时候

spectrumList = []
for spectrum in msrun:
    print spectrum['id']
    spectrumList.append(spectrum)

for spectrum in spectrumList:
    print spectrum['id']

第一次打印的结果是1-10，但第二次打印的结果是10乘以10。使用模块分配它们，而不指向同一对象

from copy import deepcopy
myq=deepcopy(transq)

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看起来你正在处理一个病态设计的课程。您正在使用的库中存在一些严重缺陷，尤其是迭代器反复生成相同对象的部分

您可能需要复制迭代器的输出，如下所示：

def getKeys(msrun, excludeList):
    spectrumKeys = []
    done = False
    for spectrum in msrun:
        if done:
            break
        if spectrum['ms level'] == 2:
            for key in spectrum:
                if key not in excludeList and not key.startswith('MS:'): 
                    done = True
                    spectrumKeys.append(key)
            spectrumKeys.extend(spectrum['precursors'][0].keys())
            precursorKeys = spectrum['precursors'][0].keys()
            break
        return spectrumKeys, precursorKeys

objs = [copy.deepcopy(obj) for obj in pymzml.run.Reader(mzmlFile)]

for obj in objs:
    # do something
for obj in objs:
    # do something

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如果这不起作用，您需要找到编写该库的人并没收他们的计算机。

试试

itertools.tee

，它为您提供独立的迭代器。如果这不起作用，您可能会遇到麻烦，因为生成器生成的对象依赖于某些外部状态（

id

=到目前为止生成的对象数？），在这种情况下无法自动提供帮助

deepcopy

是您的最佳选择，但如果这不起作用，您必须编写自己的类来捕获

光谱

对象中的所有信息

spectrumList = []
for spectrum in msrun:
    spectrumList.append(MySpectrum(spectrum))

还是较短的变体

spectrums =  list(map(MySpectrum(msrun)))

你需要像这样的东西

class MySpectrum:
    def __init__(self, spectrum):
        self.id = spectrum.id
        ...

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从pymzML的出版和文档中可以清楚地看出，这种“病理学设计”是故意的。初始化数千个spectrum对象将产生巨大的计算开销、内存和cpu周期，而这些根本不需要。通常，解析大型mzML集自然需要在解析方法时进行分析，而不是收集稍后需要分析的所有内容

尽管如此，pymzML仍然提供了通过调用spectrum.deRef（）来“深度复制”频谱的功能。使用此功能的优点是，在复制之前，所有不必要的数据都将被剥离，从而提供更小的对象

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希望这会有所帮助。

您可以在第一个循环中选择所需的信息，并将其存储在一些基本数据结构中，您可以轻松地进行操作。正如我在文章中所述，我的对象中没有对象，deepcopy会出错。这确实有效，但比msrun=pymzml.run.Reader（mzmlFile）慢得多copyMsrun=pymzml.run.Reader（mzmlFile）for copyMsrun中的obj:#在msrun中为obj做点什么：#做点什么，所以我正在使用它。谢谢你的答案，为了简单起见，我将按照我对迪特里希答案的评论方式来做。