Python 将一个命令输入到一个目录中以逗号分隔的文件名列表中，从文件名中提取一个变量motif作为标签_Python_Bash_Terminal

Python 将一个命令输入到一个目录中以逗号分隔的文件名列表中，从文件名中提取一个变量motif作为标签

python bash terminal

Python 将一个命令输入到一个目录中以逗号分隔的文件名列表中，从文件名中提取一个变量motif作为标签,python,bash,terminal,Python,Bash,Terminal,我有一个包含如下文件的目录： 1_reads.fastq 2_reads.fastq 89_reads.fastq 42_reads.fastq program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq -t s1,s2,s89,s42 我想将这些文件名的逗号分隔

我有一个包含如下文件的目录：

1_reads.fastq
2_reads.fastq
89_reads.fastq
42_reads.fastq

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq -t s1,s2,s89,s42

我想将这些文件名的逗号分隔列表提供给python程序中的命令，因此python命令的输入如下所示：

1_reads.fastq
2_reads.fastq
89_reads.fastq
42_reads.fastq

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq -t s1,s2,s89,s42

此外，我希望在python命令中使用文件名中的数字作为标记函数，以便输入如下所示：

1_reads.fastq
2_reads.fastq
89_reads.fastq
42_reads.fastq

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq

program.py -i 1_reads.fastq,2_reads.fastq,89_reads.fastq,42_reads.fastq -t s1,s2,s89,s42

重要的是，文件名和标签ID的顺序相同。

尝试以下方法：

program.py $(cd DIR && var=$(ls) && echo $var | tr ' ' ',')

它将把$（..）中te命令行返回的字符串传递给program.py

该命令行将：在目录中输入，运行ls，将输出存储在变量中，这将删除换行符并替换为空格，并且不会添加尾随空格。然后将该变量回显为“tr”，这将把空格转换为逗号。

首先：这是一个考虑不周的调用约定。不要用它

然而，如果你正在使用其他人编写的软件，那么已经有了这种约定

#!/bin/bash
IFS=, # use comma as separator

files=( [[:digit:]]*_* )
[[ -e $files || -L $files ]] || { echo "ERROR: No files matching glob exist" >&2; exit 1; }

prefixes=( )
for file in "${files[@]}"; do
  prefixes+=( "s${file%%_*}" )
done

# "exec" only if this is the last command in the script; remove otherwise
exec program.py -i "${files[*]}" -t "${prefixes[*]}"

工作原理：

```
IFS=，
```
导致
```
${array[*]}
```
在每个展开的元素之间放置逗号。因此，展开
```
${files[*]}
```
和
```
${prefixes[*]}
```
将创建带有每个数组内容的逗号分隔字符串
```
${file%%\*}
```
删除文件名中第一个
```
\
```
之后的所有内容，只允许提取数字
```
[[-e$files | |-L$files]]
```
实际上只测试该数组中的第一个元素是否存在（作为符号链接或其他形式）；但是，如果要展开以形成数组的glob与任何文件匹配（除非在两行调用之间删除了文件），则始终是这样

#!/bin/bash

shopt -s extglob nullglob

# Create an array of files
f=( +([[:digit:]])_reads.fastq )

# Check that there are some files...
if ((${#f[@]}==0)); then
    echo "No files found. Exiting."
    exit
fi

# Create an array of labels, directly from the array f:

# Remove trailing _reads.fastq
l=( "${f[@]%_reads.fastq}" )
# And prepend the letter s
l=( "${l[@]/#/s}" )

# Now the arrays f and l are good: check them:
declare -p f l

# To join the arrays, we'll use eval. Safe because the code is single-quoted!
IFS=, eval 'program.py -i "${f[*]}" -t "${l[*]}"'

注意。

eval

eval

（cd“$dir”&&names=（*）&&&{IFS=”，“；echo“${names[*]}”；）

ls

echo$var |……

echo$var

-n

cd DIR

&&

cd