Python 如何正确初始化PDB.DSSP对象_Python_Ubuntu_Biopython

Python 如何正确初始化PDB.DSSP对象

python ubuntu

Python 如何正确初始化PDB.DSSP对象,python,ubuntu,biopython,Python,Ubuntu,Biopython,我正在尝试获取PDB文件的DSSP，但python正在抛出未找到的文件我从Windows的Ubuntu下载了dssp。在ubuntu终端中调用哪个dssp会给出“/usr/bin/dssp” 使用pdb文件调用dssp将给出正确的输出。我的ide中可能存在路径错误 p = PDB.PDBParser() structure = p.get_structure(PDB_file[:-4].upper(), dir + "/" + PDB_file) model = str

我正在尝试获取PDB文件的DSSP，但python正在抛出未找到的文件

我从Windows的Ubuntu下载了dssp。在ubuntu终端中调用哪个dssp会给出“/usr/bin/dssp” 使用pdb文件调用dssp将给出正确的输出。我的ide中可能存在路径错误


 p = PDB.PDBParser()      
 structure = p.get_structure(PDB_file[:-4].upper(), dir + "/" + PDB_file)
 model = structure[0]
 dssp=DSSP(model,PDB_file)

前面的三行工作正常。我尝试将dir（目录）添加到构造函数中，但没有效果