Python 如何将分子从图形表示转换为RDKit Mol

Python 如何将分子从图形表示转换为RDKit Mol,python,graph,rdkit,molecule,Python,Graph,Rdkit,Molecule,我正在从事一个涉及分子的Python项目,目前我一直将分子表示为图形。 我有三个不同的numpy数组来描述每个图形:一个二进制邻接矩阵,一个存储分子中每个原子的原子数的数组,以及一个存储原子间键类型的矩阵。我只在图中表示重原子,所以没有氢 我正在寻找一种方法来检查分子的有效性,我一直在尝试使用RDKit的SanitizeMol函数来检查分子的有效性。 有没有一种简单的方法将图形转换为Mol对象 我还拥有将numpy格式转换为Networkx图形的函数,但我找不到任何方法来执行以下步骤(nx到RD

我正在从事一个涉及分子的Python项目,目前我一直将分子表示为图形。 我有三个不同的numpy数组来描述每个图形:一个二进制邻接矩阵,一个存储分子中每个原子的原子数的数组,以及一个存储原子间键类型的矩阵。我只在图中表示重原子,所以没有氢

我正在寻找一种方法来检查分子的有效性,我一直在尝试使用RDKit的SanitizeMol函数来检查分子的有效性。 有没有一种简单的方法将图形转换为Mol对象

我还拥有将numpy格式转换为Networkx图形的函数,但我找不到任何方法来执行以下步骤(nx到RDKit)

我一直在尝试使用EditableMol手动构建Mol,但是图形中缺少氢会导致几个原子的价出现一些问题。 我有点困了,谢谢你的帮助


谢谢

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