Biopython在一系列位置提取基本呼叫
我有一份感兴趣的职位列表,例如:Biopython在一系列位置提取基本呼叫,python,bioinformatics,biopython,Python,Bioinformatics,Biopython,我有一份感兴趣的职位列表,例如: 10 20 1000 4000000 我想使用biopython从fasta文件中提取这些位置的基本调用 这就是我尝试过的: query_dic ={} with open(line) as pos_file: for x in pos_file: for seq_record in SeqIO.parse(query_file, "fasta"): nuc = seq_record[x]
10
20
1000
4000000
我想使用biopython从fasta文件中提取这些位置的基本调用
这就是我尝试过的:
query_dic ={}
with open(line) as pos_file:
for x in pos_file:
for seq_record in SeqIO.parse(query_file, "fasta"):
nuc = seq_record[x]
query_dic[x]=nuc
错误消息显示“无效索引”-怎么了?很可能某些序列不够长,无法包含那么多字母,因此较大的索引无效 您可以考虑将最终循环修改为以下内容:
if len(seq_record) > x:
nuc = seq_record[x]
else:
nuc = None
query_dic[x] = nuc