Python 未能安装pysam 0.13

我一直未能在macOS High Sierra上安装pysam 0.13。 总结一下我的两个错误：

htslib/htslib/hts.h:142:9: error: missing ',' between enumerators
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
        ^
        ,  htslib/htslib/hts.h:142:29: error: expected '= constant-expression' or end of
      enumerator definition
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
                        ^

产生2个错误

错误：命令“gcc”失败，退出状态为1

---

有什么办法吗？

实际上我解决了，所以问题出在htslib上。解决方法：

export HTSLIB_LIBRARY_DIR=/usr/local/lib
export HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/local/include
pip install pysam

---

问题是相同目录中的htslib库相互矛盾

有时软件需要修改（补丁）才能在特定的操作系统上工作。或者，当您安装了较旧的头文件时，它不会生成。或者它需要一个不同的编译器

由于您的系统（macOS）缺乏良好的本机包管理，我建议您使用具有自己的包管理器的Python发行版，例如

这样的发行版有很多预编译包（比如pysam）。它们可以为你节省很多时间