python函数问题

我是一个彻头彻尾的巨蟒迷，所以请原谅我的简单问题。我正在尝试编写一个脚本，该脚本将在一个巨大的字符串中查找与ATxxxCA、ATxxxxCA、ATxxxxxCA或ATxxxxxCA匹配的所有序列，其中x可以是任何字符。当ATxxxCA模式匹配时，我希望脚本捕获匹配ATxxxCA周围的前10个和后10个字符。例如，结果可能如下所示：aaaaaaaaaaatxxxcbbbbbbbbb

我尝试按如下方式启动脚本：

SeqMatch = input("enter DNA sequence to search: ")
for s in re.findall(r'AT(.*?)CA', SeqMatch):
    if len(s) is < 10:
        print(s)
    else:
        print('no sequence matches')

SeqMatch=input（“输入要搜索的DNA序列：”）
对于findall（r'AT（.*CA'）中的s，如下匹配：
如果len小于10：
印刷品
其他：
打印（'无序列匹配'）

我好像在if循环中做错了什么？有人能帮忙吗？提前谢谢

我好像在做错事 我的if循环

Python不知道“is”是什么意思（在本文中）

从if检查中删除“是”

if len(s) < 10:
    print(s)
else:
    print('no sequence matches')

你会在一个结果中得到你的10分，然后是AT和CA之间的东西，然后是你的10分

或者，您可以通过使用一组围绕整个事件的parethesis来捕获所有内容

 (.{10}AT.*CA.{10})

是创建/调试正则表达式的天赐良机。

以下是一个示例：

s = "a"*20 + "ATxxxxCA" + "b"*20
rec = re.compile(r'(AT.{3,6}CA)')
mo = rec.search(s)
print s[mo.start()-10:mo.end()+10]

注意重叠：

import re

adn = ('TCGCGCCCCCCCCCCATCAAGACATGGTTTTTTTTTTATTTATCAGATTACAGATACA'
       'GTTATGGGGGGGGGGATATACAGATGCATAGCGATTAGCCTAGCTA')


regx = re.compile('(.{10})(AT.{3,6}CA)(.{10})')
res = regx.findall(adn)
for u in res:
    print u

print

pat = re.compile('(.{10})(AT.{3,6}CA)')
li = []
for mat in pat.finditer(adn):
    x = mat.end()
    li.append(mat.groups()+(adn[x:x+10],))
for u in li:
    print u

结果

('CCCCCCCCCC', 'ATCAAGACA', 'TGGTTTTTTT')
('GGGGGGGGGG', 'ATATACA', 'GATGCATAGC')

('CCCCCCCCCC', 'ATCAAGACA', 'TGGTTTTTTT')
('TTTTTTTTTT', 'ATTTATCA', 'GATTACAGAT')
('GGGGGGGGGG', 'ATATACA', 'GATGCATAGC')

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我觉得有必要指出BioPython——执行死刑时会发生什么？您希望发生什么？必须指出regexpal：非常适合开发/调试regexspresumable，字符串很长，并且有多个匹配项。因此，中间的通配符必须是非贪婪的。太棒了，谢谢你的帮助！这个网站和它的成员真是难以置信。我很感激你能容忍我愚蠢的问题！

('CCCCCCCCCC', 'ATCAAGACA', 'TGGTTTTTTT')
('GGGGGGGGGG', 'ATATACA', 'GATGCATAGC')

('CCCCCCCCCC', 'ATCAAGACA', 'TGGTTTTTTT')
('TTTTTTTTTT', 'ATTTATCA', 'GATTACAGAT')
('GGGGGGGGGG', 'ATATACA', 'GATGCATAGC')