Python 如何在SBML中为基因添加注释?
我有一个基因组规模的化学计量代谢模型Python 如何在SBML中为基因添加注释?,python,cbmpy,sbml,Python,Cbmpy,Sbml,我有一个基因组规模的化学计量代谢模型iMM904.xml,当我在文本编辑器中打开它时,我可以看到某些基因添加了注释,例如 <fbc:geneProduct fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C" metaid="G_YLR189C"> <annotation> <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:bqbiol="http
iMM904.xml
,当我在文本编辑器中打开它时,我可以看到某些基因添加了注释,例如
<fbc:geneProduct fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C" metaid="G_YLR189C">
<annotation>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/">
<rdf:Description rdf:about="#G_YLR189C">
<bqbiol:isEncodedBy>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/ncbigene/850886" />
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/sgd/S000004179" />
</rdf:Bag>
</bqbiol:isEncodedBy>
</rdf:Description>
</rdf:RDF>
</annotation>
</fbc:geneProduct>
我只看到一本空字典
此外,如何添加注释(如上次修改的
)和实际注释?在CBMPy中,有三种不同的选项可将注释添加到SBML文件:
1) 米里亚姆注释
2) 任意键值对和
3) 可读笔记
这应该涵盖你在问题中提到的所有要点。我演示了如何将它们用于基因输入,但同样的命令也可用于注释物种(代谢物)和反应
1。MIRIAM注释
要访问现有的MIRIAM注释(您在问题中显示的注释),您可以使用:
import cbmpy as cbm
mod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('iMM904.xml.gz')
# access gene directly by its locus tag which avoids dealing with the "G_" in the ID
gene = mod.getGeneByLabel('YLR189C')
gene.getMIRIAMannotations()
gene.setNotes('This is my favorite gene')
这将提供:
{'encodes': (),
'hasPart': (),
'hasProperty': (),
'hasTaxon': (),
'hasVersion': (),
'is': (),
'isDerivedFrom': (),
'isDescribedBy': (),
'isEncodedBy': ('http://identifiers.org/ncbigene/850886',
'http://identifiers.org/sgd/S000004179'),
'isHomologTo': (),
'isPartOf': (),
'isPropertyOf': (),
'isVersionOf': (),
'occursIn': ()}
如您所见,它包含您在SBML文件中看到的条目
如果现在要添加MIRIAM注释,可以使用两种方法:
A)让CBMPy为您创建url:
gene.addMIRIAMannotation('is', 'UniProt Knowledgebase', 'Q06321')
B)输入您自己的url:
# made up protein!
gene.addMIRIAMuri('is', 'http://identifiers.org/uniprot/P12345')
如果现在选中gene.getMIRIAMannotations()
,您将看到(我删除了一些空条目):
因此,您的两个条目都已添加(再次说明:P12345
条目仅用于演示,不要在实际模型中使用它!)
如果您不知道正确的数据库标识符,CBMPy也会帮助您,例如,如果您尝试:
gene.addMIRIAMannotation('is', 'uniprot', 'Q06321')
它会打印出来
"uniprot" is not a valid entity were you looking for one of these:
UNII
UniGene
UniParc
UniPathway Compound
UniPathway Reaction
UniProt Isoform
UniProt Knowledgebase
UniSTS
Unimod
Unipathway
Unit Ontology
Unite
INFO: Invalid entity: "uniprot" MIRIAM entity NOT set
其中包含我们上面使用的“UniProt知识库”
2。添加任意键值对。
并非所有内容都可以使用MIRIAM注释方案进行注释,但您可以轻松创建自己的键值对
。以你为例,
gene.setAnnotation('last_modified_by', 'Vinz')
键和值是完全任意的
gene.setAnnotation('arbitrary key', 'arbitrary value')
如果你现在打电话
gene.getAnnotations()
你收到
{'arbitrary key': 'arbitrary value', 'last_modified_by': 'Vinz'}
如果要访问某个密钥,可以使用
gene.getAnnotation('last_modified_by')
产生
'Vinz'
3。添加注释
如果您想写实际评论,前两个选项都不合适,但您可以使用:
import cbmpy as cbm
mod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('iMM904.xml.gz')
# access gene directly by its locus tag which avoids dealing with the "G_" in the ID
gene = mod.getGeneByLabel('YLR189C')
gene.getMIRIAMannotations()
gene.setNotes('This is my favorite gene')
您可以使用
gene.getNotes()
如果现在使用导出模型(请确保使用FBCV2!):
然后在文本编辑器中打开模型,您将看到所有注释都已添加到:
<fbc:geneProduct metaid="meta_G_YLR189C" fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C">
<notes>
<html:body>This is my favorite gene</html:body>
</notes>
<annotation>
<listOfKeyValueData xmlns="http://pysces.sourceforge.net/KeyValueData">
<data id="arbitrary key" value="arbitrary value"/>
<data id="last_modified_by" value="Vinz"/>
</listOfKeyValueData>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/" xmlns:vCard="http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#" xmlns:vCard4="http://www.w3.org/2006/vcard/ns#" xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/" xmlns:bqmodel="http://biomodels.net/model-qualifiers/">
<rdf:Description rdf:about="#meta_G_YLR189C">
<bqbiol:is>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/uniprot/Q06321"/>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/uniprot/P12345"/>
</rdf:Bag>
</bqbiol:is>
<bqbiol:isEncodedBy>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/ncbigene/850886"/>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/sgd/S000004179"/>
</rdf:Bag>
</bqbiol:isEncodedBy>
</rdf:Description>
</rdf:RDF>
</annotation>
</fbc:geneProduct>
这是我最喜欢的基因
<fbc:geneProduct metaid="meta_G_YLR189C" fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C">
<notes>
<html:body>This is my favorite gene</html:body>
</notes>
<annotation>
<listOfKeyValueData xmlns="http://pysces.sourceforge.net/KeyValueData">
<data id="arbitrary key" value="arbitrary value"/>
<data id="last_modified_by" value="Vinz"/>
</listOfKeyValueData>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/" xmlns:vCard="http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#" xmlns:vCard4="http://www.w3.org/2006/vcard/ns#" xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/" xmlns:bqmodel="http://biomodels.net/model-qualifiers/">
<rdf:Description rdf:about="#meta_G_YLR189C">
<bqbiol:is>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/uniprot/Q06321"/>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/uniprot/P12345"/>
</rdf:Bag>
</bqbiol:is>
<bqbiol:isEncodedBy>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/ncbigene/850886"/>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/sgd/S000004179"/>
</rdf:Bag>
</bqbiol:isEncodedBy>
</rdf:Description>
</rdf:RDF>
</annotation>
</fbc:geneProduct>