Python 如何检查给定文件是否为FASTA？

我正在设计一个需要在早期阶段输入.fasta文件的代码。现在，我正在使用以下函数验证输入：

def file_validation(fasta):
    while True:
        try:
            file_name= str(raw_input(fasta))
        except IOError:
            print("Please give the name of the fasta file that exists in the folder!")
            continue

        if not(file_name.endswith(".fasta")):
            print("Please give the name of the file with the .fasta extension!")
        else:
            break
    return file_name

---

现在，尽管这个函数工作正常，但仍然存在一些错误空间，用户可能会输入一个文件，该文件名以.fasta结尾，但其中可能包含一些非.fasta内容。我可以做些什么来防止这种情况发生，并让用户知道他/她的.fasta文件已损坏？

为什么不干脆像解析fasta一样解析文件，看看它是否损坏

使用，通过在非FASTA文件上返回空生成器，默认失败：

from Bio import SeqIO

my_file = "example.csv"  # Obviously not FASTA

def is_fasta(filename):
    with open(filename, "r") as handle:
        fasta = SeqIO.parse(handle, "fasta")
        return any(fasta)  # False when `fasta` is empty, i.e. wasn't a FASTA file

is_fasta(my_file)
# False

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写一个fasta解析器或者在线查找一个现有的。我自己对fasta一无所知。然而，有一个答案可能对你有用。我会说，试着解析几百个字符，假设这是有意义的。如果解析成功，请接受该文件。@Kevin我尝试将Biopython SeqIO'SeqIO.parse（文件名'fasta'））作为条件树的一部分，以查看是否可以进行解析。遗憾的是，它不能警告用户该文件不是有效的.fasta文件。这就是你的意思吗？@BillBell很遗憾，我无法理解你链接的代码的某些部分。你认为我可以复制并粘贴到我的函数中，让它告诉用户他们的文件不是正确的.fasta格式吗？我知道你的问题已经得到了回答！我正试图找出如何将以“with open（filename）…”开头的代码部分集成到我的函数中，但我很难让它仍然工作。你认为我应该把它作为一个单独的函数，然后在我原来的验证函数中调用它吗？这已经是一个独立的函数了，所以你应该能够从验证函数中调用它。你能澄清一下你的意图吗？我只是想确保我的代码没有被破坏，并会继续提示用户提供有效的答案。而你的设置最终起了作用！非常感谢。@Aryamcarthy你能对我的评论吗