使用python子流程将文件从.sam转换为.bam

我想首先说，非常感谢您的帮助。一般来说，我对Python和脚本都是新手。我正在尝试使用一个名为samtools view的程序将文件从.sam转换为.bam。我需要能够完成此BASH命令在Python中所做的工作：

samtools view -bS aln.sam > aln.bam   

我知道像|><这样的BASH命令是使用Python中的子进程stdin、stdout和stderr完成的。我尝试了几种不同的方法，但仍然无法正确转换BASH脚本。我试过：

cmd = subprocess.call(["samtools view","-bS"], stdin=open(aln.sam,'r'), stdout=open(aln.bam,'w'), shell=True)

及

---

在Python中，我仍然没有使用samtools将.sam文件转换为.bam文件。我做错了什么

您可以通过kwarg'shell=True'将执行传递给shell

---

subprocess.call（'samtools视图-bS aln.sam>aln.bam'，shell=True）

Abukamel是正确的，但如果您（或其他人）想知道您的具体示例

你的第一次尝试并不遥远，只是一些小项目：

文件名应该用引号括起来

samtools从命名的输入文件中读取数据，而不是从stdin中读取数据

您不需要“shell=True”，因为您没有使用诸如重定向之类的shell技巧

因此，您可以：

import subprocess
subprocess.call(["samtools", "view", "-bS", "aln.sam"],
                stdout=open('aln.bam','w'))

您的第二个示例或多或少存在相同的问题，因此需要更改为：

from subprocess import Popen
with open('aln.bam', 'wb',0) as output_file: 
    cmd = Popen(["samtools", "view",'-bS','aln.sam'],
                stdout=(output_file))

---

非常感谢您的帮助，也感谢您带领我走过这一过程。

from subprocess import Popen
with open('aln.bam', 'wb',0) as output_file: 
    cmd = Popen(["samtools", "view",'-bS','aln.sam'],
                stdout=(output_file))