从Mathematic导入到Python的数据

我有一个文本文件，其中包含从Mathematica获得的三维数组（100X100X100）。数据用逗号和大括号存储。我想用这个文本文件用Python分析和绘制数据。如何导入Python中的数据？我目前正在使用Python 2.7版本。在matematica中存储数据的格式可能是什么，以便在Python中使用它？

因为看到人们用ascii存储如此多的数据让我感到痛苦，下面是一种进行二进制交换的方法：

mathematica：

data = RandomReal[{-1, 1}, {3, 4, 5}]
f = OpenWrite["test.bin", BinaryFormat -> True];
BinaryWrite[f, ArrayDepth[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, Dimensions[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, data, "Real64"];
Close[f]

m = RandomReal[{-1, 1}, {8, 8}]
m >> out.m

python:

import numpy as np
with open('test.bin','rb') as f:
 depth=np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=1)
 dims =np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=depth)
 data =np.reshape(np.fromfile(f,dtype=np.dtype('float64'),
         count=reduce(lambda x,y:x*y,dims)),dims)

with open('out.m','r') as f: text=f.read()
for rep in (('{','['),('}',']')):text=text.replace(rep[0],rep[1])
array=eval(text)

注意：如果在不同的硬件上读/写，则可能会出现端号问题。 （不过很容易处理）

编辑：为完整起见，使用本机mathematica格式的文本交换如下所示：

mathematica：

data = RandomReal[{-1, 1}, {3, 4, 5}]
f = OpenWrite["test.bin", BinaryFormat -> True];
BinaryWrite[f, ArrayDepth[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, Dimensions[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, data, "Real64"];
Close[f]

m = RandomReal[{-1, 1}, {8, 8}]
m >> out.m

python:

import numpy as np
with open('test.bin','rb') as f:
 depth=np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=1)
 dims =np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=depth)
 data =np.reshape(np.fromfile(f,dtype=np.dtype('float64'),
         count=reduce(lambda x,y:x*y,dims)),dims)

with open('out.m','r') as f: text=f.read()
for rep in (('{','['),('}',']')):text=text.replace(rep[0],rep[1])
array=eval(text)

---

需要注意的是，第一个

eval

不应用于不真实的输入，第二个是，如果任何值使用科学记数法，或者显然是任何mathematica符号内容，这将中断。最后，对于大量的投入来说，它无疑是非常缓慢的。只有当您使用mathematica文件而无法使用mathematica将其转换为更好的格式时，我才会认真使用此文件。

因为看到人们以ascii格式存储如此多的数据让我感到痛苦，下面是一种进行二进制交换的方法：

mathematica：

data = RandomReal[{-1, 1}, {3, 4, 5}]
f = OpenWrite["test.bin", BinaryFormat -> True];
BinaryWrite[f, ArrayDepth[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, Dimensions[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, data, "Real64"];
Close[f]

m = RandomReal[{-1, 1}, {8, 8}]
m >> out.m

python:

import numpy as np
with open('test.bin','rb') as f:
 depth=np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=1)
 dims =np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=depth)
 data =np.reshape(np.fromfile(f,dtype=np.dtype('float64'),
         count=reduce(lambda x,y:x*y,dims)),dims)

with open('out.m','r') as f: text=f.read()
for rep in (('{','['),('}',']')):text=text.replace(rep[0],rep[1])
array=eval(text)

注意：如果在不同的硬件上读/写，则可能会出现端号问题。 （不过很容易处理）

编辑：为完整起见，使用本机mathematica格式的文本交换如下所示：

mathematica：

data = RandomReal[{-1, 1}, {3, 4, 5}]
f = OpenWrite["test.bin", BinaryFormat -> True];
BinaryWrite[f, ArrayDepth[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, Dimensions[data], "Integer32"];
BinaryWrite[f, data, "Real64"];
Close[f]

m = RandomReal[{-1, 1}, {8, 8}]
m >> out.m

python:

import numpy as np
with open('test.bin','rb') as f:
 depth=np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=1)
 dims =np.fromfile(f,dtype=np.dtype('int32'),count=depth)
 data =np.reshape(np.fromfile(f,dtype=np.dtype('float64'),
         count=reduce(lambda x,y:x*y,dims)),dims)

with open('out.m','r') as f: text=f.read()
for rep in (('{','['),('}',']')):text=text.replace(rep[0],rep[1])
array=eval(text)

---

需要注意的是，第一个

eval

不应用于不真实的输入，第二个是，如果任何值使用科学记数法，或者显然是任何mathematica符号内容，这将中断。最后，对于大量的投入来说，它无疑是非常缓慢的。如果你使用Mathematica文件，并且不能使用Mathematica来把它放在一个更好的格式上，我会认真地使用它。当然，这取决于文本文件的结构。您是如何导出它的？如果您有一个原生mathematica格式（逗号和大括号分隔的Id建议首先选择一个更友好的格式），它将以您提到的原生格式存储。什么是方便的格式？例如，你可能想考虑熊猫。当然，这取决于文本文件的结构。您是如何导出它的？如果您有一个原生mathematica格式（逗号和大括号分隔的Id建议首先选择一个更友好的格式），它将以您提到的原生格式存储。方便的格式是什么？