Python .fasta和.genbank格式之间的文件转换
我必须创建两个函数,允许我打开Python .fasta和.genbank格式之间的文件转换,python,fasta,genbank,Python,Fasta,Genbank,我必须创建两个函数,允许我打开.genbank文件并将其转换为.fasta文件,反之亦然。我目前的情况是: def Convert(file, file1) handle_input=open('file', 'rU') handle_output=open('file1', 'w') while True: s=handle_input.readline() t=handle_output.write(s, '.genbank')
.genbank
文件并将其转换为.fasta
文件,反之亦然。我目前的情况是:
def Convert(file, file1)
handle_input=open('file', 'rU')
handle_output=open('file1', 'w')
while True:
s=handle_input.readline()
t=handle_output.write(s, '.genbank')
print(t)
Convert('file.fas', 'file.genbank')
这可能也不正确,但我不知道该怎么办。你可以在互联网上找到很多关于这方面的文档。请看这里: 但是为了让你开始: 我假设这两个文件将来不会完全相同,因为否则您可以直接复制该文件 我有几点意见 1) 您的循环
,而true
将一直运行到时间结束。把它改成
对于句柄中的行输入:
2) 完成后关闭文件:
handle_input.close()
handle_output.close()
3) t=handle\u output.write(s,'.genbank')
删除“.genbank”参数
4) 无需执行打印(t)
注意:我还没有测试这段代码,所以我可能会犯一些小错误为什么在True时使用循环?