Python int（）的文本无效，基数为10“0 | 0”的错误？

我得到的错误是：基数为10“0 | 0”的int的文本无效。我不确定问题是格式0 | 0而不是0:0，因为它看起来像是将字段拆分为：，还是与self.depthpos有关。追踪显示：

Traceback (most recent call last):
  File "vcftopf_p1_commandline.py", line 200, in <module>
snps[i]=snp(lin)
  File "vcftopf_p1_commandline.py", line 140, in __init__
if int(gtype[self.depthpos])>=cutoff:                                   
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '0|0'

输入看起来像：

self.info=lsp[7]
    isplit=self.info.split(';')
    infonum=0
    for infofield in isplit:
        if infofield.split('=')[0]=='AA':
            self.ancestinfo=True
            self.ancest=infofield.split('=')[1]
            if self.ancest=='.':
                self.failed=1
                return
        infonum+=1 
    self.format=lsp[8]
    self.gtypes=lsp[9:]


fsp=self.format.split(':')
    self.fdpos=-1
    self.depthpos=-1
    formatnum=0
    for field in fsp:
        if field=='DP':
            self.depthpos=formatnum
        formatnum+=1       
    #if (len(self.gtypes)!=nsamp):
    #   raise(" incorrect number of individuals in line "+line)


            i=0
            for fd in fsp:

                if fd=="FD":
                        self.fdpos=i
                i=i+1


    if self.fdpos!=-1:
                for gtypestr in self.gtypes:
            gtype=gtypestr.split(':') 

            if gtype[self.fdpos]=='0':              
                            self.nalt+=int( gtype[0][0]=='1')+int( gtype[0][2]=='1')
                            self.nref+=int( gtype[0][0]=='0')+int( gtype[0][2]=='0')
                    #print self.nref,self.nalt



        else:
            for gtypestr in self.gtypes:
            gtype=gtypestr.split(':')   
                        #print gtype
                        if gtype[0]!='.' and gtype[0]!='./.':
                if int(gtype[self.depthpos])>=cutoff:                                    
                    self.nalt+=int( gtype[0][0]=='1')+int( gtype[0][2]=='1')
                        self.nref+=int( gtype[0][0]=='0')+int( gtype[0][2]=='0')
                #print self.nref,self.nalt

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  HG01112 HG01113 HG01119 
1       14674   .       G       A       100     PASS    .       GT      0|0     0|0     0|0     

int接受整数，您试图给出一个小数，所以需要使用float

您的代码：

更改并尝试以下操作：

---

异常意味着字符串“0 | 0”是传递给int函数的无效值。要解决此问题，请确保字符串包含有效的。您需要对字符串使用eval调用

int(eval("0|0"))

---

结果：1

您在这里遇到了几个问题。首先，对于那些花了大量时间在特定Python风格标准中编程的人来说，代码的格式设置很难阅读。我建议你从那里开始，并从那里发展你的风格

我认为此代码重新格式化保留了代码的含义。如果我错了，请纠正我

self.info = lsp[7]
isplit = self.info.split(';')
infonum = 0
for infofield in isplit:
    if infofield.split('=')[0] == 'AA':
        self.ancestinfo = True
        self.ancest = infofield.split('=')[1]
        if self.ancest == '.':
            self.failed = 1
            return
        infonum += 1 
self.format = lsp[8]
self.gtypes = lsp[9:]
     
fsp = self.format.split(':')
self.fdpos = -1
self.depthpos = -1
formatnum = 0
for field in fsp:
    if field == 'DP':
        self.depthpos = formatnum
    formatnum += 1       
    #if len(self.gtypes) != nsamp:
    #    raise(" incorrect number of individuals in line " + line)

i = 0
for fd in fsp:
    if fd == "FD":
        self.fdpos = i
        i = i + 1
     
if self.fdpos != -1:
    for gtypestr in self.gtypes:
        gtype = gtypestr.split(':') 
        if gtype[self.fdpos] == '0':
            self.nalt += int(gtype[0][0] == '1') + int(gtype[0][2] == '1')
            self.nref += int(gtype[0][0] == '0') + int(gtype[0][2] == '0')
            #print self.nref,self.nalt

else:
    for gtypestr in self.gtypes:
        gtype = gtypestr.split(':')   
        #print gtype
        if gtype[0] != '.' and gtype[0] != './.':
            if int(gtype[self.depthpos]) >= cutoff:                                    
                self.nalt += int(gtype[0][0] == '1') + int(gtype[0][2] == '1')
                self.nref += int(gtype[0][0] == '0') + int(gtype[0][2] == '0')
                #print self.nref,self.nalt
         

第一个问题

最初的问题是ValueError：基数为10的int的文本无效：“0 | 0”-这是因为在调用 gtype=gtypestr.split'：'与您的示例输入：

self.gtypes = ['0|0', '0|0', '0|0']
gtypestr = '0|0'
self.depthpos = -1

str.splitdelimiter的输出总是一个列表，因此gtype的值为['0 | 0']

gtype[self.depthpos]等于gtype[-1]，这等于gtype[0]，因为gtype是长度为1的列表

因此，您调用int'0 | 0'，这将给出错误

第二个问题

将gtypestr.split“：”更改为gtypestr.split“|”的建议假定错误来自于对错误字符的拆分。这种变化给你

gtype = ['0', '0']
int(gtype[self.depthpos]) == int(gtype[-1]) == int('0') == 0

您给我们的代码示例中没有定义截断，但我将假设0>=截断，然后我们运行此块：

self.nalt += int(gtype[0][0] == '1') + int(gtype[0][2] == '1')
self.nref += int(gtype[0][0] == '0') + int(gtype[0][2] == '0')

这就是为什么调用gtype[0][2]时会出现索引器错误：字符串索引超出范围-这相当于调用“0”[2]，并且单个字符串中没有第三个字符

这个块看起来好像是在第一个子串中间的一个分隔符中工作，在第一个子串中，由.Sele:：'Cult.< /P>返回。 因此，我不确定如何向前迈进：

修复那些gtype[0]子字符串调用，以针对不同的字符串工作？ 保留.split“：”并更改截止测试？ 这两种都是需要简化的复杂输入文件格式的症状？

---

您能告诉我们有关输入格式的更多信息吗？

请提供一个。您是否尝试将gtype=gtypestr.split'：'替换为gtype=gtypestr.split'|'？我尝试过，但后来出现了一个错误，称字符串索引超出范围。您的代码很难理解，不清楚您试图实现什么。但是int需要一个字符串，该字符串只包含要转换为单个整数的数字。你传递的字符串有两个数字，中间有一个。请修正你的代码的缩进。然后我得到了无效的文字：浮点：0，你试试替换：gType＝gTyrStr.Selp:：‘GType＝gTyrStr.St```，这是因为gType（0）[2 ]试图得到长度为1的字符串的第三个元素。谢谢。您的评论已经澄清，我现在可以运行脚本了。这是别人的代码，我不懂python，我被指示在我的文件上使用。我意识到我不应该分割0 | 0，应该访问该字段的第一个和第三个元素，忽略|。我正在计算该字段中0和1的数量，因为输入可以采用0 | 0，0 | 1，1 | 0，1 | 1的形式。我认为gtype[self.depthpos]应该调用不同的字符串，正如您所说的。

gtype = ['0', '0']
int(gtype[self.depthpos]) == int(gtype[-1]) == int('0') == 0

self.nalt += int(gtype[0][0] == '1') + int(gtype[0][2] == '1')
self.nref += int(gtype[0][0] == '0') + int(gtype[0][2] == '0')