通过Python脚本中的-cat连接文件

我有一个文件夹，文件夹中的文件名称如下：

"Code1_B1_1.1.fq.gz"
"Code1_B1_2.2.fq.gz"
"Code1_B2_1.1.fq.gz"
"Code1_B2_2.2.fq.gz"
...
"Code5_B1_1.1.fq.gz"
"Code5_B1_2.2.fq.gz"
"Code5_B2_1.1.fq.gz"
...
...

等等

这些是DNA序列。我想根据代码号和扩展名连接这些文件。因此，例如，我的文件“Code1_B1_1.1.fq.gz”和“Code1_B2_1.1.fq.gz”将合并到一个“Code1_两者_1.1.fq.gz”中

使用bash（作为新手），我了解了如何列出需要连接的文件，例如：

ls | grep-E“Code1.*.1.1.fq.gz”

但之后我如何连接它们呢？我只想简单地使用命令-cat并将输出保存到一个新文件中，但是如何检索能够使用-ls列出的文件呢

。。。此外，最终，我希望通过一个Python脚本来执行整个过程，该脚本将根据我的两个标准（代码和扩展名）自动合并我的所有文件：）

提前感谢您的帮助

---

Chrys

ls

输出供人使用，而非程序性消费；看

相反，请使用来形成文件名列表：

zcat Code1*1.1.fq.gz >outfile

……或者

gunzip -c Code1*1.1.fq.gz >outfile

如果出于某种原因需要引用此名称的某些部分，只要不引用

*

（或任何其他glob表达式元字符），就可以这样做：

---

请注意，glob表达式与正则表达式有点不同：在正则表达式中，

是一个特殊字符——因此

grep-E“Code1.*.1.1.fq.gz”

也将匹配

Code1AB1C1DfqEgz

作为有效名称，因为表达式中的每个

都是这样处理的。在globs中，

并不特殊，

*

表示任何内容的零个或多个（与最后一个内容的零个或多个相反）

尝试列出所有文件，然后搜索所需文件并将其存储在文件中

ls-ltra | egrep-e'Code1_B1_1.1.fq.gz | Code1_B1_2.2.fq.gz | Code1_B2_1.1.fq.gz | Code1_B2_2.fq.gz'>文件名

或

---

ls | zip-@m filename.zip

（在我的邮件的开头有一个“大家好”，但它不会出现在这里！！很抱歉！因为这是Gzip文件，你不能只使用cat。但是，你可以使用zcat。引号真的是名称的一部分吗？例如，

ls“Code1\u B1\u 1.1.fq.gz”是否显示文件（在这种情况下，引号是语法性的，是shell的指令，而不是文件名的一部分），或者它需要是
ls'Code1\u B1\u 1.1.fq.gz'
（在这种情况下，外部引号是语法性的，内部引号是文字性的）？非常感谢大家！Charles，引用不是文件名的一部分，我只是希望它能像这样更清楚：）谢谢！请查看。如果您想列出用于编程的名称，使用
printf“%s\n”*
比使用
ls
更安全，因为
ls
转义不可打印字符的方式不受其规范的定义。即使是
printf“%s\n”
也会被名称与文字换行符严重混淆；NUL分隔的st铰（
printf“%s\0”*
）是列出完全任意文件名的唯一真正安全的方法。非常感谢您的建议Pranam！非常感谢，我将尝试此方法！祝您度过一个愉快的夜晚！它工作完美，谢谢Charles！很抱歉再次打扰，但现在我想知道如何使用此命令的相对或绝对路径？确实，此命令将由另一个文件夹上的Python脚本启动（工作目录与序列文件列表不同）。再次感谢！我找到了一个解决方案，但不幸的是，发生了一些奇怪的事情。我写了以下内容：zcat.././Folder/Code1*1.1.fq.gz>essai.fq.gz我绝对肯定相对路径是正确的。不过，它返回我没有这样的文件或目录，因此创建了一个空的“essai”你知道问题出在哪里吗？我的命令可以很好地处理我创建的两个小.txt文件，用于进行不同的测试，但是当我返回到序列时，什么都没有：（！
printf'%q\n'../../Folder/Code1*1.1.fq.gz
真的打印文件名吗？相对于当前位置，该路径似乎无效。顺便说一句，如果希望输出是另一个
.gz
文件，则根本不需要使用
zcat
，您可以将一组gzip文件连接在一起生成另一个gzip文件，它会正常工作，所以常规的
cat
就可以了。这个命令不会给我文件列表，但是
ls.././Folder | grep“Code1.*.1.1.fq.gz”
是的，相对路径与ls和cat的工作方式有什么不同吗？我确信我遗漏了一些明显的东西，但现在这似乎真的很奇怪！再次感谢您的帮助：）
gunzip -c "Code1"*"1.1.fq.gz"